L'attività ufficiale era sospesa, i contratti dei calciatori erano stati dichiarati sospesi. A causa della divisione dell'Italia causata dalla Linea Gotica molti giocatori si trovarono impossibilitati a tornare nelle loro città. Questo fece sì che nel Torneo di guerra (così venne chiamato il campionato) molti atleti si accasassero dove poterono. Nel caso dell'Atalanta, ci fu il ritorno di Giuseppe Bonomi dalla Roma e di Arnaldo Salvi dalla Cremonese e molti furono gli innesti dalla squadra riserve.
Il 16 gennaio 1944 iniziò la prima fase del campionato che prevedeva la suddivisione regionale delle squadre. L'Atalanta si classificò all'ottavo e ultimo posto non potendo così proseguire alla fase successiva.
Il Torneo di Guerra non fu valido ai fini statistici.
N.B. Tutti i trasferimenti sono provvisori e non sono ufficiali. Tutti i calciatori avevano l'obbligo di rientrare alla società di appartenenza al termine della guerra.