La cronometro femminile junior dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2021 si svolse il 21 settembre 2021 su un percorso di 19,3 km, con partenza da Knokke-Heist e arrivo a Bruges nelle Fiandre in Belgio. La medaglia d'oro fu appannaggio della russa Alena Ivanchenko con il tempo di 25'05"49 alla media di 46,390 km/h, che precedette l'argento della britannica Zoe Bäckstedt ed il bronzo della tedesca Antonia Niedermaier.
Delle 56 cicliste accreditate alla partenza, 55 presero parte alla cronometro e tutte tagliarono il traguardo di Bruges.