La chiesa, conosciuta già nel IX secolo con il nome di Santa Maria in Augusta, ebbe l'appellativo in Porta Paradisi o semplicemente Portae Paradisi perché nei suoi pressi si apriva una delle porte dei muri che circondavano il vicino Mausoleo di Augusto, detti paradiseiois, oppure perché adiacente v'era il cimitero (chiuso nel 1836 per motivi sanitari, a causa dell'epidemia di colera) dell'Ospedale di San Giacomo in Augusta, detto degli Incurabili: secondo la tradizione cristiana, il luogo che accoglie i fedeli per il sonno eterno si chiama "Paradiso", e "porta del paradiso" era il nome del luogo che vi immetteva: da qui il nome della chiesa, adibita a funzioni funebri e vicina all'antico cimitero dell'ospedale.