Cresciuto nella sua città natale, Chris Carter si è laureato in giornalismo presso la California State University di Long Beach. Lavorò come giornalista freelance ed editore per la rivista "Surfing" prima di cominciare nel 1985 la sua carriera di sceneggiatore per gli Studi della Walt Disney.
Nel 1992 ha cominciato a lavorare per Fox creando la serie TV X-Files che otterrà notevole successo di pubblico e per la quale vincerà tre Golden Globe. Nel 1996 crea la serie tv Millennium e nel 1999 la serie Harsh Realm. Dal 1989 Chris Carter è sposato con Dori Pierson.