Fino al 1999 militò nella Liga de Fútbol de Colonia, uno campionati regionali amatoriali organizzati dall'Organización del Fútbol del Interior. Nel 2000 si trasformò in club professionistico, partecipando al campionato di seconda divisione e conquistando nella stagione seguente una storica promozione in Primera División.
La prima stagione nella massima serie, nel 2002, si concluse con un brillante quinto posto nella classifica aggregata tra i campionati di Apertura e di Clausura, che valse al club persino la qualificazione alla Liguilla.
Dopo altre due stagioni in prima divisione, nel 2005 il Plaza Colonia retrocesse, dopo aver perso lo spareggio contro il Cerro. Di lì a poco la situazione precipitò e una difficile condizione economica impedì al club di presentarsi ai nastri di partenza della successiva stagione di Segunda División, in cui è riuscita comunque a tornare nella stagione 2007-2008.
Nella stagione 2015-2016 si è aggiudicato il campionato di Clausura, perdendo poi il playoff per il titolo contro il Peñarol per 1-3.