La candidatura di Barroso riuscì infine ad imporsi, nonostante il sostegno che aveva dato alla guerra in Iraq. Gli altri possibili candidati suscitarono maggiori perplessità e sollevarono maggiore opposizione, per cui la scelta di Barroso costituì sostanzialmente un compromesso al ribasso. La nomina di Barroso venne approvata dal Parlamento Europeo il 22 luglio 2004 con 413 voti favorevoli, 215 contrari e 44 astensioni; la maggior parte del sostegno venne dal Partito Popolare Europeo e dai Democratici Europei.
In seguito Barroso guadagnò maggiori consensi, grazie all'abilità mostrata nell'assegnare i vari portafogli della sua commissione, facendo attenzione alle competenze dei singoli commissari e assegnando i portafogli di maggiore peso non solo a commissari provenienti dagli Stati membri più grandi dell'Unione europea.
Approvazione della Commissione
Dopo l'assegnazione dei portafogli ai commissari designati da parte del presidente Barroso, tra la fine di settembre e l'inizio di ottobre 2004 si sono svolte le audizioni dei commissari designati davanti al Parlamento Europeo.
Il Partito del Socialismo Europeo annunciò il suo voto contro la nuova commissione, a meno che Barroso rivedesse la sua composizione e Buttiglione fosse sostituito. La nuova commissione era appoggiata dal Partito Popolare Europeo e da parte del Partito Europeo dei Liberali, Democratici e Riformatori, ma non era sicuro che avrebbe ottenuto l'approvazione della maggioranza dei parlamentari europei. Per assicurare l'approvazione della commissione, Barroso fu costretto a ritirare la sua proposta di assegnazione dei portafogli e propose una nuova commissione tre settimane più tardi. Il commissario italiano designato Buttiglione era stato sostituito da Franco Frattini, che aveva mantenuto lo stesso portafoglio, mentre a László Kovács era stato assegnato il portafoglio della fiscalità invece che quello dell'energia, assegnato a Andris Piebalgs, che sostituì Ingrida Udre come commissario designato della Lettonia[5].
Un ultimo problema sulla commissione Barroso venne sollevato dal gruppo parlamentare euroscettico Indipendenza e Democrazia e riguardava il commissario designato francese Jacques Barrot. Nel 2000 Barrot era infatti stato condannato per uno scandalo relativo a finanziamenti illeciti al suo partito, ma aveva poi beneficiato di un'amnistia dell'allora presidente francese Jacques Chirac. Tuttavia, Barroso difese la nomina di Barrot[6].
La Commissione è stata infine approvata dal Parlamento Europeo il 18 novembre 2004 con 449 voti a favore, 149 contro e 82 astenuti. I tre maggiori gruppi parlamentari annunciarono il loro appoggio alla commissione. La nuova commissione entrò in carica il 22 novembre.
La Commissione Barroso I ereditò dalla precedente Commissione Prodi la direttiva sui servizi nel mercato interno, nota anche come direttiva Bolkestein. Tale direttiva puntava a liberalizzare il settore dei servizi all'interno dell'Unione Europea, che comprende circa i due terzi dell'economia europea. Il nuovo commissario per il mercato interno ed i servizi, Charlie McCreevy, propose per la direttiva un testo piuttosto diverso dalla bozza elaborata dal suo predecessore, accogliendo così le modifiche proposte dal Parlamento europeo e venendo incontro alle forti preoccupazioni espresse dai sindacati[19]. L'accordo finale raggiunto nel maggio 2007 consentì l'approvazione della direttiva; l'accordo escluse dai settori coinvolti dalla direttiva numerosi servizi (sanità, sicurezza, assistenza sociale...) e rigettò la proposta del principio del Paese di origine per cui un'azienda avrebbe potuto operare in qualsiasi parte dell'Unione Europea rispettando le norme sul lavoro del proprio stato membro di origine[19].
Un'iniziativa della Commissione che godette di ampio sostegno dell'opinione pubblica fu il regolamento sui costi del roaming all'interno dell'Unione Europea, portato avanti dalla commissario per la società dell'informazione e i mezzi di comunicazioneViviane Reding. Il regolamento pose un limite ai costi di roaming delle chiamate effettuate da un telefono cellulare europeo all'interno di uno stato membro diverso dal suo di origine[20].
La direttiva REACH costituì un'altra importante direttiva approvata dalla Commissione Barroso I. La direttiva regolamenta l'utilizzo di oltre 30.000 sostanze chimiche all'interno dell'UE per tutelare la salute dell'ambiente e dei cittadini. La direttiva REACH costituisce il più corposo singolo atto mai prodotto dalla Commissione ed è un punto di riferimento anche per il resto del mondo[21].
Il 10 gennaio 2007 la Commissione rese pubblica la politica energetica dell'Unione Europea, mirata a istituire un mercato unico europeo dell'energia, a contrastare il cambiamento climatico favorendo le energie da fonti rinnovabili e a assicurare maggiore indipendenza strategica dell'UE dai fornitori stranieri di combustibili fossili[22].
Il 3 marzo 2010 il Presidente Barroso annunciò la strategia decennale Europa 2020, una proposta per rilanciare l'economia europea e indirizzarla verso una crescita innovativa, sostenibile e inclusiva e per coordinare meglio le politiche economiche europee e nazionali[24].
Il mandato della Commissione Barroso I vide una crescente attività politica dei suoi componenti: alcuni, come Louis Michel nel 2007, parteciparono direttamente alle elezioni politiche nel loro Paese di origine[26], mentre altri dichiararono il loro appoggio a determinati candidati impegnati in competizioni elettorali. Fu questo il caso di Neelie Kroes e del suo appoggio ad Angela Merkel nelle elezioni politiche del 2005 e di Margot Wallström e del suo appoggio a Ségolène Royal nelle elezioni presidenziali francesi del 2007[27].
L'impegno dei commissari nelle competizioni elettorali nazionali appariva in contrasto con l'esigenza di assicurare la neutralità della Commissione europea nei confronti delle vicende politiche interne agli stati membri. Tuttavia, Michel e Wallström difesero le loro scelte sostenendo che il loro impegno politico aiutava ad avvicinare la Commissione ai cittadini e ad evidenziare il ruolo politico della Commissione[28].
Il commissario Günter Verheugen segnalò la gravità del problema della frammentazione delle Direzioni generali della Commissione e della parziale sovrapposizione dei mandati di alcuni commissari, che comportavano insufficiente coerenza delle politiche e lotte interne per l'affermazione dell'egemonia[30].
^Tajani prese il posto di Frattini come commissario dell'Italia il 9 maggio 2008, gli venne assegnata la delega ai trasporti
^Barrot subentrò a Frattini il 9 maggio 2008, dopo le dimissioni di quest'ultimo.
^Ashton prese il posto di Mandelson il 6 ottobre 2008.
^Alcuni mesi prima della fine del mandato della Commissione Barroso I, Ashton è stata nominata Alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza. A partire da quel momento ha ottenuto, tra le altre cose, la delega alle relazioni esterne precedentemente assegnata al commissario Benita Ferrero-Waldner, che in maniera simmetrica ottenne invece la delega al commercio precedentemente assegnata ad Ashton.
^Ferrero-Waldner ottenne la delega al commercio (mantenendo anche quella alla politica di vicinato precedentemente ottenuta) dopo la nomina di Ashton come Alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza, nell'ultimo periodo del mandato della Commissione Barroso I.
^Vassiliou prese il posto di Kyprianou dal 10 aprile 2008.
^De Gucht prese il posto di Michel il 17 luglio 2009.
^Šemeta prese il posto di Grybauskaite il 1º luglio 2009.
^In seguito all'entrata in vigore del Trattato di Lisbona, alcuni mesi prima della fine del mandato della Commissione Barroso I l'allora commissario al commercio Catherine Ashton è stata nominata Alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza. A partire da quel momento ha ottenuto, tra le altre cose, la delega alle relazioni esterne precedentemente assegnata a Ferrero-Waldner, che in maniera simmetrica ottenne invece la delega al commercio precedentemente assegnata ad Ashton. Nell'ultimo periodo della sua permanenza in carica Ferrero-Waldner è stata dunque commissario al commercio ed alla politica estera di vicinato.
^Dopo l'entrata in vigore del Trattato di Lisbona e la nomina dell'Alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza, la delega alle relazioni esterne è divisa da quella alla politica di vicinato ed è stata trasferita all'Alto rappresentante.
^Šefčovič prese il posto di Figeľ il 1º ottobre 2009.
^Samecki prese il posto di Hübner il 4 luglio 2009.