La Divizia Națională 1998-1999 è stata la ottava edizione della massima serie del campionato di calcio moldavo disputato tra l'11 luglio 1998 e il 13 giugno 1999 e concluso con la vittoria dello Zimbru Chișinău, al suo settimo titolo.
Per la prima volta sono 10 squadre che disputarono il campionato. Dopo una prima fase di 18 giornate, le prime cinque si qualificarono al girone per il titolo sommando partendo dai punti conquistati nella stagione regolare mentre le rimanenti cinque disputarono un girone di play-out al termine del quale l'ultima venne retrocessa e la penultima disputò uno spareggio contro la seconda classificata della Divizia A.
Il Nistru Otaci, già penalizzato di un punto per non aver fatto giocare la squadra giovanile per due volte, venne espulso dal campionato per non essersi presentato per due volte.
Il FC Unisport-Auto Chișinău, penultimo in classifica, avrebbe dovuto giocare lo spareggio per la permanenza in massima serie contro il Migdal Carahasani (secondo classificato della Divizia A) che però rinunciò alla sfida.