Nel 2001 firmò per l'Arsenal, con cui vinse numerosi titoli nazionali prima di passare al Valencia.
L'8 luglio 2009 dopo essersi svincolato dal Valencia si accorda con il Corinthians, club con il quale iniziò la carriera da calciatore, firmando un contratto biennale, che sarebbe durato fino al 31 dicembre 2011.
Dopo aver giocato quattro partite durante la stagione 2010, il suo contratto è stato risolto di comune accordo e Edu ha annunciato il suo ritiro dal calcio professionistico
Carriera dirigenziale
Nel mese di marzo del 2011 il Corinthians lo nomina direttore del calcio del club
Nel 2014 ha assistito la nazionale iraniana di Carlos Queiroz durante la Coppa del Mondo FIFA 2014.