La linea fu inaugurata assieme alla stazione di Padova Interporto il 9 maggio 1988, anche se i primi treni merci cominciarono ad impiegarla solo a partire dall'anno successivo. Il primo tratto fin poco oltre il cavalcavia di via Venezia esisteva già prima del 1958: faceva parte infatti del raccordo base Consorzio Zona Industriale e Porto Fluviale, una rete di raccordi al servizio di vari impianti industriali, che, al 2008, risulta parzialmente in servizio.