Viene fondata nel 2014, come una delle neo-squadre che parteciperanno alla nuova competizione indiana, l'Indian Super League. Chiude al secondo posto in classifica con 22 punti, mentre viene eliminata in semifinale di Play-off dall'Atlético de Kolkata per 2-4 (0-0, 0-0 [2-4 su rigori]).
Conclude con il primo posto la seconda stagione, ma viene eliminata in finale dal Chennaiyin, perdendo quindi la possibilità di guadagnare il 1º titolo.
La terza stagione è la loro annata peggiore, rimangono infatti ultimi per tutta la durata della competizione. Nel 2017 conclude al 3º posto nella stagione regolare ma viene battuta per 4-1 in semifinale dal Chennaiyin. Nella stagione 2019-2020 si è posizionata al primo posto in classifica, vincendo il League Winners' Shield e diventando la prima squadra indiana a qualificarsi alla fase a gironi della AFC Champions League.[2]
L'FC Goa è il primo e finora unico club di calcio indiano ad avere un canale televisivo ad esso dedicato, l'FC Goa TV. La prima messa in onda del canale è stata il 10 ottobre 2014 su canale 100 di Videocon D2H.[senza fonte]