Nel 2011 si ritira dal calcio giocato, e inizia la carriera di allenatore, allenando la squadra svedese dell'Hammarby militante nella Superettan, la seconda serie del calcio svedese. Nel luglio 2013 viene esonerato, complici i nove punti di distacco dalla zona promozione[8], per poi passare al Columbas , dove qui si ferma cinque anni. Lasciato il Columbas guida dal 2018 la nazionale degli Usa , dove nel 2019 guida in finale di Gold Cup persa 1-0 contro il Messico.
Nazionale
Ha debuttato con la nazionale statunitense il 15 ottobre 1994 nella gara contro l'Arabia Saudita e svolgendo un ruolo significativo nella Coppa del Mondo del 2002 dove sostituì l'infortunato Jeff Agoos e giocò le ultime due partite da titolare, diventando così il primo giocatore del Crystal Palace a disputare una partita dei mondiali. Il 25 maggio 2006 fu aggiunto alla rosa per la Coppa del Mondo del 2006, rimpiazzando l'infortunato Cory Gibbs ed esprimendo fiducia nella possibilità della squadra di avanzare nel torneo[9]; tuttavia non fu utilizzato dall'allora tecnico Bruce Arena e la nazionale fu eliminata dopo essere arrivata quarta nel gruppo E della prima fase con un pareggio e due sconfitte.
Dopo aver acquisito la sua prima esperienza come assistente allenatore nel 2011, parallelamente alla sua ultima stagione da giocatore ai LA Galaxy, Berhalter è tornato in Europa alla fine dell'anno per assumere la carica di capo allenatore del club di seconda divisione svedese Hammarby IF.
Dall'inizio di novembre 2013 ha lavorato negli Stati Uniti presso il club MLS Columbus Crew come capo allenatore e direttore sportivo. La sua permanenza lì è terminata dopo la stagione MLS 2018.
Il 2 dicembre 2018, la Federcalcio statunitense lo ha presentato come nuovo allenatore della nazionale.[10] Sotto la sua guida, la squadra ha vinto, tra gli altri, la CONCACAF Gold Cup 2021 e raggiunto gli ottavi di finale alla coppa del mondo 2022.[11]
Al termine della Mondiale il suo contratto non viene rinnovato a causa di vicende controverse del suo passato riguardante un'aggressione contro la sua futura moglie;[12] il fatto è stato rivelato ai media da Claudio Reyna e sua moglie per vendetta nei confronti dello scarso utilizzo del figlio Giovanni durante i Mondiali.[13][14]
Il 13 marzo 2023 viene poi stabilito che la federazione statunitense non aveva torto nell'assumere Berhalter e che può riassumerlo alla guida della nazionale.[15]