I paleontologi del periodo dividevano i Dinosauria in vari modi, a seconda della struttura dei loro piedi e della forma dei loro denti. La divisione di Seeley, tuttavia, ha superato la prova del tempo, anche se in realtà si è visto in seguito che gli uccelli sono discesi non dagli Ornithischia (ossa delle anche da uccello), ma dai Saurischia (ossa delle anche da lucertola). Seeley trovò i due gruppi così diversi che ne dedusse anche delle origini separate: fu solo negli anni 1980 che le nuove tecniche dell'analisi cladistica hanno mostrato che entrambi i gruppi di dinosauri in realtà derivano da antenato comuni nel Triassico.
Il suo popolare libro sugli pterosauri, Dragons of the Air (1901) ipotizzò che uccelli e pterosauri erano strettamente legati. La sua opinione che avessero un'origine in comune fu in seguito dimostrata (entrambi sono arcosauri) ma la parentela non era così stretta come pensava. Respinse la teoria di Richard Owen degli pterosauri come animali a sangue freddo che planavano lentamente, e comprese che erano a sangue caldo e con un volo attivo.
^H. G. Seeley, On the Classification of the Fossil Animals Commonly Named Dinosauria, Proc. R. Soc. Lond. January 1, 1887 43:165–171; DOI: 10.1098/rspl.1887.0117. v. "Paper Dinosaurs"Archiviato il 27 settembre 2011 in Internet Archive. An Exhibition of Original Publications from the Collections of the Linda Hall Library.