Cineasta dal taglio particolarmente forte e drammatico, trovò all'estero i mezzi per esprimersi al meglio: dopo aver vissuto in Europa dal 1964 al 1968, si stabilì infatti definitivamente a San Paolo del Brasile nel 1969, affermandosi nel 1980 con Pixote - La legge del più debole.
Giunse al successo internazionale con Il bacio della donna ragno (1984), tratto dall'omonimo romanzo di Manuel Puig. Trasferitosi negli Stati Uniti, girò Ironweed (1987), storia di emarginati in una grande città statunitense.
Nel 2015 tornò dietro alla macchina da presa con Il mio amico Hindu, nel quale si narrano le vicissitudini di un regista malato terminale che cerca di realizzare il suo ultimo film: per uno strano scherzo del destino, l'anno seguente Babenco morì all'età di 70 anni per le complicazioni di una sinusite, che gli causarono un infarto.