Tornato a Ginevra nel 1819, fu chiamato professore di astronomia e poi (nel 1821) professore di matematica avanzata e direttore dell'osservatorio di Ginevra. Nel 1830 costruì un nuovo edificio dotato di nuovi strumenti: un equatoriale di e un circolo meridiano.[3]
Nel 1839, problemi di vista gli impedirono di continuare il proprio lavoro e quindi lasciò le proprie posizioni a uno dei suoi discepoli, Emile Plantamour.[5]
Nel 1852, meno di un anno dopo la pubblicazione dei risultati di Schwabe, Gautier e altri tre ricercatori (Edward Sabine, Rudolf Wolf e Johann von Lamont) annunciarono indipendentemente che il ciclo delle macchie solari coincideva esattamente con quello dell'attività geomagnetica.[3][6]
Sposò Angélique Frossard de Saugy nel 1826 e Louise Cartier nel 1849.[3] Non ebbe figli.
^abc(DE) Gautier, Alfred, su hls-dhs-dss.ch. URL consultato il 31 agosto 2020.
^Jean Alfred GAUTIER, su accademiadellescienze.it. URL consultato il 31 agosto 2020.
^ Thomas Hockey, Katherine Bracher, Marvin Bolt, Virginia Trimble, Richard Jarrell, JoAnn Palmeri, Jordan D. Marché, Thomas Williams e F. Jamil Ragep, Biographical Encyclopedia of Astronomers, Springer, 18 settembre 2007, pp. 411–, ISBN978-0-387-30400-7.