Carlo Magno inizialmente incorporò la penisola istriana nel ducato longobardo del Friuli, parte del Regnum Italicorum retto dal figlio Pipino. Sebbene ufficialmente un ducato, il Friuli de facto fu una marca con una dignità ducale meramente titolare, dal 776 governata da governanti franchi.
Il margraviato istriano emerse per la prima volta dopo la morte del duca Enrico del Friuli nell'assedio di Tersatto del 799 al confine franco con il ducato di Croazia. L'Istria fu affidata al conte franco Unfrido, che portava anche il titolo di dux Foroiulanus. La marca carolingia originale si estendeva dalle Alpi Giulie e dall'altopiano del Carso fino al golfo del Quarnaro. Fu una delle tre marche, insieme alla marca del Friuli e alla marca di Carinzia, destinate a proteggere successivamente l'Italia dagli Avari, dagli Slavi e dai Magiari. Nel primo decennio del IX secolo l'Istria fu governata dal duca Giovanni, nominalmente governante dell'area secondo le antiche usanze bizantine, ma in realtà governava in qualità di vassallo franco. La regione aveva nove città, in primis Trieste.
Dopo che il re Pipino aveva fatto diversi tentativi per conquistare Venezia, suo padre l'imperatore Carlo Magno ai sensi della Pax Nicephori dell'812 riconobbe finalmente il controllo formale bizantino sulla città insieme all'Istria, almeno nella sua costa occidentale. Non sappiamo se l'accordo venne rispettato e forse i bizantini non riuscirono a ristabilire il loro governo nei territori restituiti; non si conosce neanche se questi vennero effettivamente consegnati. Le parti restanti dell'Istria furono probabilmente reintegrate nel ducato carolingio del Friuli.
Dopo che il re tedesco Ottone I fece una campagna nel nord Italia contro il nipote di Berengario, re Berengario II, nel 952 unì il Friuli alla vasta marca di Verona, conferendolo al fratello Enrico I di Baviera, che già controllava le adiacenti marche di Carinzia e di Carniola. Dopo la deposizione del figlio e successore di Enrico, Enrico il Litigioso nel 976, l'imperatore Ottone II separò la Carinzia dalla Baviera elevandolo a ducato a sé stante, conferendolo a Enrico il Giovane, che ricevette anche le marche bavaresi del sud-est, tra cui Verona, Istria, Carniola e Stiria.
Sono documentati conti dell'Istria alla fine del X secolo, ma l'Istria e la marca di Carniola furono separate dal ducato carinziano nel 1040, quando entrambi furono conferiti al conte di WeimarPoppo I di Carniola, erede per matrimonio del margravio friulano Weriand. I margravi di Carniola a poco a poco acquisirono i territori del nord-est della penisola, mentre la costa occidentale e meridionale furono gradualmente occupate dalla repubblica di Venezia. Il re Enrico IV assegnò nominalmente la marca rimanente al patriarcato di Aquileia, mentre il titolo margraviale e i territori istriani furono comunque conservati dalla Carniola. Nel 1173 l'imperatore della dinastia HohenstaufenFederico Barbarossa diede il feudo alla dinastia bavarese degli Andechs, unendo l'Istria al ducato di Merania. Il Patriarcato d'Aquileia riconquistò l'Istria nel 1209, quando i margravi Andech furono banditi a causa del presunto coinvolgimento nell'assassinio del re Filippo di Svevia, figlio di Federico Barbarossa.
A metà del secolo la maggior parte della costa istriana era stata conquistata da Venezia. I patriarchi cessarono di nominare margravi e affidarono la parte interna della penisola restante al controllo diretto dei loro Vogt, i conti di Gorizia.
Dopo che il territorio secolare dei Patriarchi di Aquileia fu completamente conquistato da Venezia nel 1420, la maggior parte dell'Istria apparteneva alla Serenissima. Gli Asburgo, che dal 1335 detenevano il ducato di Carniola e dal 1382 possedevano la signoria sulla città di Trieste, in Istria avevano acquistato solo un piccolo territorio all'interno della penisola intorno a Pisino (Mitterburg), che amministravano attraverso il ducato carniolano. Nel 1500, con l'estinzione della dinastia comitale, i territori di Gorizia, incluso il titolo marchionale istriano, furono ereditati dagli Asburgo. I sovrani asburgici detennero tuttavia il titolo di "Margravi d'Istria" fino allo scioglimento della monarchia austro-ungarica nel 1918.
Dopo la parentesi boema, la marca ritornò sotto il controllo del Principato patriarcale di Aquileia e la sua amministrazione era affidata ai conti di Gorizia. Con l'estinzione della casata goriziana il titolo fu ereditato dai monarchi asburgici e il titolo di "Margravio d'Istria" fu incluso tra quelli dei sovrani d'Austria.