È un terzino destro, dotato di buona velocità possiede inoltre una buona resistenza fisica, gamba ed efficace nella fase difensiva e quella offensiva, con sovrapposizioni sulla destra per i cross. All'occorrenza può giocare anche come terzino sinistro.
Esordisce da professionista nel Coritiba, dove si ritaglia un posto da titolare come interno di centrocampo. Successivamente si trasferisce in Europa, per giocare con i tedeschi dello Schalke 04. In Germania gioca da titolare ben cinque stagioni.
Genoa
Il 4 agosto 2010 viene ufficializzato il suo passaggio al Genoa per 6 milioni di euro.[2]
Il 16 febbraio 2011 segna il gol decisivo nel derby contro la Sampdoria (1-0)[3].
Si ripete alla 33º giornata, nella vittoria per 3-0 contro il Brescia, aprendo le marcature con un colpo di testa in tuffo su assist di Rodrigo Palacio.
Bayern Monaco
Il 1º giugno 2011 viene acquistato dal Bayern Monaco, con cui firma un contratto triennale[4]. Il 14 settembre 2011 realizza la sua prima rete con la nuova maglia, nel match di Champions League contro il Villarreal.
Il 6 aprile 2013 vince la sua prima Bundesliga (il ventitreesimo titolo dei bavaresi) con sei giornate di anticipo rispetto alla fine del campionato. Il 25 maggio 2013 vince la sua prima Champions League, grazie alla vittoria dei bavaresi nella finale contro il Borussia Dortmund. Il 1º giugno 2013 vince anche la Coppa di Germania.
Nel suo terzo anno col Bayern, trova molto più spazio con l'arrivo di Pep Guardiola (che sposta Philipp Lahm in mediana) giocando molto bene e sfoderando parecchi assist. La stagione si apre con la vittoria il 30 agosto 2013 della Supercoppa UEFA, ottenuta sconfiggendo ai rigori in finale la compagine londinese del Chelsea, dopo che i tempi supplementari si erano conclusi sul 2-2.[5] Nel corso dell'annata la squadra bavarese conquista altri tre titoli, la Coppa del mondo per club,[6] la Bundesliga[7] e la Coppa di Germania.[8]
Il 26 aprile 2015 vince il terzo campionato di fila con il Bayern.[9]
Il 18 maggio 2019 vince il settimo campionato di fila con il Bayern, giocando la sua ultima partita con la maglia dei bavaresi.
Il 23 agosto 2020 firma un contratto annuale coi greci dell'Olympiacos, con cui vincerà la Coppa di Grecia. Il 2 febbraio 2021, non rientrando più nei piani tecnici dell'allenatore, rescinde anzitempo il proprio contratto di comune accordo con la società.
Gremio
Il 29 marzo 2021 torna in Brasile firmando un contratto fino a fine anno col Grêmio.
San Paolo
Il 21 dicembre 2021 viene ufficializzato l'ingaggio a parametro zero del terzino da parte del club paulista fino al 31 dicembre 2022, con opzione per un'ulteriore stagione, il quale si legherà al club a partire dal 1º gennaio 2022.
Nazionale
Ha fatto parte della Nazionale brasiliana Under-20, ha partecipato ai Giochi olimpici di Pechino con la selezione olimpica verdeoro vincendo la medaglia di bronzo. I'11 febbraio 2014 ha fatto il suo esordio in nazionale maggiore in amichevole contro il Sudafrica. A settembre 2015 invia una lettera alla Federcalcio brasiliana con cui chiedeva di depennarlo dalla lista dei convocati poiché preferisce aspettare una chiamata della Germania vista la sua prossima cittadinanza tedesca.[10]
Tuttavia, nel 2017, Rafinha continuò a rappresentare la Seleçao, venendo convocato per le amichevoli contro l'Argentina e l'Australia.
Fu inserito da Tite nella lista dei pre-convocati per il Mondiale del 2018, ma non viene inserito nella lista definitiva.
^Bayern Monaco vince Coppa di Germania, su gazzetta.it, 17 maggio 2014. URL consultato il 30 novembre 2014 (archiviato dall'url originale il 20 luglio 2014).