La Pervenstvo Futbol'noj Nacional'noj Ligi 2012-2013, nota anche come PFN Ligi 2012-2013 fu la ventunesima edizione della seconda serie del campionato russo di calcio. Vide la vittoria finale dell'Ural, che venne promosso in Prem'er-Liga assieme al Tom' Tomsk. Capocannoniere del torneo fu Spartak Gogniev, calciatore dell'Ural, con 17 reti realizzate.
Prima dell'inizio della stagione il KAMAZ rinunciò per mancanza di fondi e si iscrisse in Vtoroj divizion, al Nižnij Novgorod non venne rinnovata la licenza di club professionistico per i debiti accumulati e per la mancanza di copertura finanziaria, alla Dinamo Brjansk venne ritirata la licenza di club professionistico per irregolarità finanziarie, la Torpedo Vladimir dichiarò bancarotta e non si iscrisse al campionato[1]. L'unico club di Vtoroj divizion con i requisiti validi per ricevere una licenza fu l'Ufa, che venne così ammesso in PFN Ligi[1]. Di conseguenza, il numero di club partecipanti scese da 20 a 17.
Il Volgar-Gazprom cambiò denominazione in Volgar' Astrachan', togliendo lo sponsor dal nome[1].
Formula
Le 17 squadre partecipanti si sono affrontate in un girone all'italiana con partite di andata e ritorno per un totale di 32 giornate: venivano assegnati tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Le prime due classificate venivano promosse direttamente in Prem'er-Liga, mentre la terza e la quarta affrontavano la tredicesima e la quattordicesima classificate in Prem'er-Liga in play-off promozione/retrocessione. Al fine di avere nuovamente 20 club nella stagione successiva, solamente le ultime due classificate venivano retrocesse direttamente in Vtoroj divizion.