Ci sono ritrovamenti archeologici risalenti al periodo preistorico, all'epoca romana ed all'alto Medioevo, ma la prima menzione esplicita del nome di Scarnafigi risale al 989.
A quell'anno risale anche la prima menzione del monastero delle Benedettine che fu presente in paese fino all'anno 1571. Oggi non è rimasta traccia di questo monastero, che probabilmente si trovava in prossimità del castello. Il castello, a sua volta, esisteva probabilmente già prima dell'anno 1000, ma in seguito è stato pesantemente rimaneggiato, per cui oggi non ci sono più tracce della struttura originaria.[5]
L'origine del toponimo non è nota, ma la desinenza in "igi" lo fa risalire a radici longobarde o tardo romane.
Nel XII secolo il nucleo del paese si trovava nella zona dell'attuale Santuario del Cristo, in un borgo chiamato Villa Quadraciana. Questa zona però non si sviluppò, mentre il paese vero e proprio si sviluppò nella posizione odierna, intorno al Castello.[5]
Tra il 1239 ed il 1355 Scarnafigi fu conteso tra i marchesi di Saluzzo, i signori di Barge, ed i conti di Savoia; nel 1395 il controllo del paese passò alla famiglia De Ponte, che tra alterne vicende esercitò un ruolo egemone su Scarnafigi fino al 1850.
Oltre ai De Ponte, sul territorio di Scarnafigi ebbero influenza anche le vicine abbazia di Staffarda ed abbazia di Rifreddo, che possedevano tenute e terreni nel territorio.
Scarnafigi rimase sempre al margine dei grandi eventi storici. Fu comunque colpito diverse volte dalla peste: le cronache riportano diverse occorrenze in particolare negli anni 1564, 1575-77, 1579, e 1630. Subì inoltre saccheggi da parte delle truppe napoleoniche durante le campagne d'Italia.
Secondo i dati Istat al 31 dicembre 2017, i cittadini stranieri residenti a Scarnafigi sono 240[8], così suddivisi per nazionalità, elencando per le presenze più significative[9]:
^LEGGE 4 agosto 1951, n. 1123 : 29 marzo 1947, n. 345: Ricostituzione dei comuni di Lequio
Tanaro, Bergolo, Scarnafigi, Ruffia, Torre Bormida e Camo (Cuneo).
^abDato Istat - Popolazione residente al 30 novembre 2023 (dato provvisorio).
^abcdComune di Scarnafigi - Arte e monumenti, su www.comune.scarnafigi.cn.it (sito istituzionale). URL consultato il 20 giugno 2023 (archiviato dall'url originale il 7 febbraio 2023).
^Scarnafigi - cenni storici, su www.comune.scarnafigi.cn.it (sito istituzionale). URL consultato il 20 giugno 2023 (archiviato dall'url originale il 23 marzo 2023).