Scipione era figlio di Francesco Caffarelli e di Ortensia Borghese, sorella di papa Paolo V (Camillo Borghese). A causa delle difficoltà economiche del padre, l'educazione di Scipione fu pagata dallo zio materno, il cardinale Camillo Borghese. Quando Camillo fu eletto papa nel 1605 con il nome di Paolo V, Scipione fu nominato cardinale e fu adottato, avendo così il diritto di usare il nome e l'arme della famiglia Borghese. Grazie al munifico zio, Scipione studiò al Collegio Romano di Roma ove ottenne la laurea in filosofia per poi passare all'Università di Perugia ove conseguì il dottorato in legge.
Dedicatosi a pieno ritmo agli incarichi di curia a Roma, divenne nel 1612 prefetto dei Brevi Apostolici e prefetto del Tribunale della Segnatura Apostolica dal 16 febbraio 1618. Protettore di Loreto dal 4 gennaio 1620, in quello stesso anno fu nominato Arciprete della Basilica Vaticana, carica che tenne fino alla morte.
Famoso il suo mecenatismo a favore dei suoi collaboratori, compresa la servitù, di cui si cita Genesio Cerone che gli salvò la vita in un incidente.
Nel febbraio 1605, con l'acquisizione del palazzo del cardinale spagnolo Pedro de Deza Manuel, iniziato dal Vignola tra il 1560 e il 1565 e proseguito da Martino Longhi il vecchio, Scipione Borghese ne affidò il completamento e l'ammodernamento a Flaminio Ponzio, che vi realizzò una lunga facciata ed un cortile a duplice colonnato e il palazzo divenne così noto come Palazzo Borghese.
^abGiorgio Carpaneto, I palazzi di Roma, Roma, Ed. Newton Compton, 1994. ISBN 88-7983-191-7. p. 394
^Vittorio Sgarbi, Roma - Dal Rinascimento ai nostri giorni in: Dizionario dei monumenti italiani e dei loro autori, Milano, Ed. Bompiani, 1991, p. 258. ISBN 88-452-1801-5
^abcVittorio Sgarbi, Roma - Dal Rinascimento ai nostri giorni in: Dizionario dei monumenti italiani e dei loro autori, Milano, Ed. Bompiani, 1991, p. 239, ISBN 88-452-1801-5