Palazzolo Milanese è stato il primo esempio, sulla linea ferroviaria Milano-Asso, di ammodernamento completo con adeguamento dell'impiantistica ferroviaria, realizzazione di banchine larghe ed alte, pensiline e sottopassi dotati di ascensori[1].
L'infrastruttura è dotata di tre binari. Il binario 1 è dedicato ai servizi verso Milano; il binario 2 è dedicato ai servizi verso Seveso; il binario 3 è dedicato ai servizi S2/ che si attestano a Palazzolo e, raramente, alle eventuali precedenze.