Ha scritto venti dei primi ventuno numeri del terzo volume di Nuovi Mutanti, una serie che ha lanciato con l'artista Diogenes Neves, incluso il crossover Necrosha. Parallelamente a quella serie ha scritto Amazing Spider-Man Presents: Anti-Venom –New Ways To Live. Nel novembre 2011, Wells ha lanciato la serie Avenging Spider-Man con l'artista Joe Madureira. In seguito ha scritto due miniserie con il personaggio di Carnage assieme all'artista Clayton Crain, intitolati Faida di famiglia e Carnage USA. Nel 2015 Wells ha co-creato la serie animata in stop-motion SuperMansion, dirigendo la prima stagione.
Nel 2021, Wells è stato annunciato nel cast degli scrittori della trama di Amazing Spider-Man: Beyond.[4] Un anno dopo è stato rivelato che sarebbe stato lo scrittore principale di The Amazing Spider-Man insieme all'artista John Romita Jr. a partire dall'aprile 2022.[5]
^Zeb Wells Exclusive - Marvel.com News, su web.archive.org, 2 dicembre 2007. URL consultato il 12 maggio 2022 (archiviato dall'url originale il 2 dicembre 2007).