アインベック村が形成された頃、ライネ川の谷のイルメ川沿いには中世初期からすでに多くの集落が形成されていた。1158年1月1日にフリードリヒ・バルバロッサは、… in loco qui Einbike vocatur … (Einbikeと呼ばれる場所で)と文書に記しており、11世紀に荘園に組み込まれたことを記録している。カトレンブルク伯ウードはクルンメ・ヴァッサー川沿いに荘園を領していた。後に彼の子孫によって聖アレクサンドリ修道院が創設され、重要な巡礼地となった。対岸の交通の便がよい場所に市場教会を持つ市場の集落が形成された。 1252年に市参事会についての言及が見られることから都市権を有していたことが判るが、1279年に領主ハインリヒ・ミラビリスによって、より広範な都市権が授けられた。この間にアインベックは地理上も拡大した。市場と修道院の間の川沿いの湿地が埋め立てられ、人が住むようになった。市場の集落と修道院を取り囲んで堀と市壁(ドイツ語版)が1264年に設けられた。聖ヤコービ市場教会と聖アレクサンドリ修道院教会は壁の中に包含された。旧市街市場を持つ旧市街に建っていた両教会が新市場によって結ばれたことは1389年の史料に示されている、また、聖マリア教区教会を持つ新市街については1318年に言及されている[5]。
1938年11月のユダヤ人排斥運動(水晶の夜)によってムーア様式のシナゴーグが焼失した[11][12]。先代の木組み建築のシナゴーグは保存され、転用された。1945年、後の市事務総長カイムは、防衛クライス XI の兵員補充監査局の指示がないまま独断で、本市をアメリカ軍に明け渡した。これにより本市は大部分が無傷で残された。
1958年のハインツ・エルハルト(ドイツ語版、英語版)主演によるモノクロ映画『Vater, Mutter und neun Kinder』(直訳すると『父と母と9人の子』)がアインベックで撮影された。特にマルクト広場やティーザクサー通りが主な撮影現場となり、当時のアインベック郡の自動車ナンバープレートが映っている。エルハルトはこの映画で、架空のアインベック市長でラーツアポテーケ内で旋盤工房を営むフリードリヒ・シラーという役を演じた。この他の主な出演者は、カミラ・シュピラ、モニカ・アーレンス、エリク・シューマン、ヴィリー・ミロヴィッチらであった。
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