FokI

FokI (wym. "fok jeden") – enzym, endonukleaza restrykcyjna typu IIS, wyizolowana po raz pierwszy ze szczepu Flavobacterium okeanokoites[1].

W biologii molekularnej FokI jest używane jako enzym restrykcyjny. Po związaniu DNA, poprzez swoją domenę wiążącą, enzym rozpoznaje sekwencję 5'-GGATG-3' (nić komplementarna 3'-CCTAC-5') po czym domena endonukleazowa przecina nici DNA już w sposób niespecyficzny, pomiędzy dziewiątym a trzynastym nukleotydem w dół nici[2]. Enzym jest aktywny w formie homodimeru[3].

Struktura

Enzym ma masę molekularną 65,4 kDa i zbudowany jest z 587 aminokwasów.

Domena wiążąca DNA

Domena ta zbudowana jest z trzech subdomen (D1, D2, D3), które ewolucyjnie są powiązane z domeną wiążącą DNA białka aktywującego geny kataboliczne z motywem helisa-zwrot-helisa[2].

Domena endonukleazowa

Cięcie DNA wykonywane jest przez niespecyficzną domenę, która także jest miejscem styku monomerów kompleksu. Dimer formowany jest przez równoległe alfa helisy α4 i α5 oraz dwie pętle P1 i P2 domeny tnącej[2].

Aktywność

Enzym niezwiązany do DNA, ma domenę endonukleazową odseparowaną przez domenę wiążącą DNA, która jest zwalniana wskutek zmian konformacyjnych po związaniu DNA w miejscu restrykcyjnym. Cięcie może zajść dopiero po dimeryzacji do homodimeru, kiedy domeny endonukleazowe oddziałują ze sobą. Do aktywności wymagane są także jony magnezu[3].

Wykorzystanie

Niezależność od siebie domeny rozpoznającej i wiążącej miejsce restrykcyjne oraz domeny o właściwej aktywności endonukleazowej, pozwoliło na łączenie tej ostatniej (rekombinowanie) z innymi domenami wiążącymi, pochodzącymi z innych enzymów i mających inne struktury[1]. W taki sposób możliwe jest tworzenie pochodnych enzymów o zmienionych właściwościach rozpoznawania miejsc specyficznych.

Przypisy

  1. ↑ a b Durai S., Mani M., Kandavelou K., Wu J., Porteus MH., Chandrasegaran S. Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells.. „Nucleic acids research”. 18 (33), s. 5978–90, 2005. DOI: 10.1093/nar/gki912. PMID: 16251401. 
  2. ↑ a b c Wah DA., Bitinaite J., Schildkraut I., Aggarwal AK. Structure of FokI has implications for DNA cleavage.. „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”. 18 (95), s. 10564–9, wrzesień 1998. PMID: 9724743. 
  3. ↑ a b Bitinaite J., Wah DA., Aggarwal AK., Schildkraut I. FokI dimerization is required for DNA cleavage.. „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”. 18 (95), s. 10570–5, wrzesień 1998. PMID: 9724744. 

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
Kembali kehalaman sebelumnya