PHYLIP

PHYLIP jest bezpłatnym pakietem w którego skład wchodzi około 30 programów obejmujących większość aspektów analizy filogenetycznej. Posiada on wersje dostępne na wielu platformach komputerowych, w tym: Mac, DOS, UNIX, VAX / VMS i inne.

Kod źródłowy jest napisany w języku programowania C. Od wersji 3.696 jest licencjonowany jako oprogramowanie typu open-source; wersje 3.695 i starsze były prawnie zastrzeżonym oprogramowaniem[1]. Wszystkie programy w pakiecie zawierają pełną dokumentację. Autorem pakietu jest profesor Joseph Felsenstein z Wydziału Nauk Genomu i Wydziału Biologii Uniwersytetu Waszyngtońskiego w Seattle[2].

Metody dostępne w pakiecie obejmują parsymonię, macierze odległości i metody największej wiarygodności, w tym metodę bootstrap i drzewa konsensusowe. PHYLIP obsługuje następujące typy danych: sekwencje molekularne, częstotliwość występowania genów, miejsca restrykcyjne i fragmenty restrykcyjne, macierze dystansowe i znaki dyskretne[3].

PHYLIP jest programem z prostym interfejsem korzystającym z wiersza poleceń. Programy w obrębie pakietu wywoływane są przez wpisanie ich nazwy do wiersza poleceń. Większość programów szuka danych w pliku o nazwie „infile”, jeśli go nie znajdą, program poprosi o wpisanie nazwy pliku do odczytu. Musi to być plik tekstowy w kompatybilnym formacie (np. format ASCII – bez specjalnego formatowania). Dane wyjściowe są zapisywane na plikach o nazwach „outfile” i „outtree”. Drzewa filogenetyczne w pliku „outtree” zapisywane są w formacie Newick. Niektóre programy do analizy sekwencji, jak na przykład ClustalW, mogą zapisywać pliki danych bezpośrednio w formacie PHYLIP[1].

Programy wchodzące w skład pakietu: protpars, dnapars, dnapenny, dnamove, dnacomp, dnaml, dnamlk, proml, promlk, restml, dnainvar, dnadist, protdist, restdist, seqboot, fitch, kitsch, neighbor, contml, contrast, gendist, pars, mix, penny, move, dollop, dolpenny, dolmove, clique, factor, drawgram, drawtree, consense, treedist, retree[4].

Przypisy

  1. ↑ a b D. Baxevanis Andreas Ouellette B.F. Francis: Bioinformatyka: Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, 1, 2004 r, s. 349.
  2. ↑ Joseph Felsenstein, Inferring Phylogenies, „Sinauer Associates”, 2003, ISBN 0-87893-177-5.
  3. ↑ PHYLIP general information [online], evolution.genetics.washington.edu [dostęp 2018-04-24].
  4. ↑ PHYLIP Programs [online], evolution.genetics.washington.edu [dostęp 2018-04-24].

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
Kembali kehalaman sebelumnya