PhyloCode

PhyloCode, pełna nazwa: Międzynarodowy kodeks nomenklatury filogenetycznej – jeden ze zbiorów zasad taksonomii organizmów żywych. W odróżnieniu od dotychczas powszechnie stosowanej taksonomii fenetycznej, grupującej organizmy ze względu na ich cechy charakterystyczne (na przykład obecność rdzenia kręgowego), reguły PhyloCode ustalają zasady taksonomii filogenetycznej. Zgodnie z nimi organizmy grupowane są ze względu na pochodzenie od wspólnych przodków w klady (PhyloCode w odróżnieniu od tradycyjnych kategorii systematycznych nie zaleca nadawania kladom rang, aczkolwiek nie wyklucza ich stosowania^[1]).

Aby nazwa kladu została uznana za ważną, musi zostać przedstawiona jej definicja filogenetyczna (w języku angielskim lub po łacinie). PhyloCode przedstawia kilka – choć nie wszystkie – typów definicji filogenetycznych, do których należą^[2]:

• node-based – „najwęższy klad obejmujący A i B” (zapisane w skrócie „<A&B”). Przykładem kladu, którego nazwa ma definicję typu node-based, jest Neornithes – „najwęższy klad obejmujący Struthio camelus i Passer domesticus” („< Passer domesticus & Struthio camelus”)^[3], co znaczy, że Neornithes to klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka strusia i wróbla domowego i wszystkich jego potomków.

• branch-based' (dawniej nazywana stem-based) – „największy klad obejmujący A, ale nie Z” (w skrócie: „>A~Z”), np. „Tetanurae to najszerszy klad obejmujący Passer domesticus, ale nie Ceratosaurus nasicornis i Carnotaurus sastrei” („> Passer domesticus ~ Ceratosaurus nasicornis ∨ Carnotaurus sastrei”)^[4], co oznacza, iż Tetanurae to największy klad obejmujący wszystkie zwierzęta bliżej spokrewnione z wróblem niż z ceratozaurem i karnotaurem.

• apomorphy-based' – „największy klad obejmujący wszystkie organizmy wykazujące cechę M synapomorficzną z tą u A” (w skrócie „>M(A)”), np. Avifilopluma to „największy klad pochodzący od pierwszego przedstawiciela Panaves mającego pióra homologiczne z piórami Vultur gryphus”^[5].

PhyloCode jest przedsięwzięciem alternatywnym wobec tradycyjnej nomenklatury hierarchicznej stosowanej w klasyfikacjach biologicznych. Powstał podczas warsztatów w Uniwersytecie Harvarda w sierpniu 1998 roku, kiedy ustalono jego cel i założenia. W wyniku dalszej współpracy grupy naukowców w kwietniu 2000 roku opublikowana została w Internecie pierwsza wersja PhyloCode. W lipcu 2002 podczas warsztatów na Uniwersytecie Yale rozdzielono reguły nazewnictwa kladów od reguł dotyczących nazewnictwa gatunków. Przyjęto, że PhyloCode nie będzie dotyczył (tymczasowo) nazewnictwa gatunków. Podczas pierwszego międzynarodowego kongresu w lipcu 2004 w Paryżu utworzono Międzynarodowe Towarzystwo Nomenklatury Filogenetycznej (ang. International Society for Phylogenetic Nomenclature). W dniach od 28 czerwca od 2 lipca 2006 na Uniwersytecie Yale odbył się drugi kongres nomenklatury filogenetycznej.

Wersja aktualna oraz wersje historyczne PhyloCode dostępne są na witrynie internetowej Uniwersytetu Ohio.

• kladystyka

• PhyloCode – witryna główna projektu (wersja archiwalna) (ang.)
• Wersja 4c PhyloCode (PDF) (ang.)
• International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN)