SRAP

SRAP (z ang. Sequence-related amplified polymorphism - powiązany z sekwencją amplifikowany polimorfizm) - technika molekularna wykorzystująca PCR, polega na wykrywaniu zmian w otwartych ramkach odczytu (ORF), w związku z czym celuje w funkcjonalne geny. Ten system markerów został po raz pierwszy użyty i zademonstrowany przez Li i Quiros w 2001 roku^[1][2].

W tej technice wykorzystuje się dwa rodzaje starterów:

• Forward- po sekwencji „wypełniającej” następuje sekwencja CCGG
• Revers - po sekwencji „wypełniającej” następuje sekwencja AATT

Obydwa startery mają długość 17 lub 18 nukleotydów. Składają się z sekwencji rdzeniowej o długości 13 lub 14 nukleotydów z czego pierwsze 10 lub 11 od końca 5' nie posiada określonej konstrukcji, nazywamy te fragmenty sekwencją wypełniającą. Od końca 3' występują trzy selektywne nukleotydy^[1].

Podobnie jak w przypadku techniki PCR w pierwszej kolejności przeprowadza się izolację DNA. Kolejnym etapem jest przygotowanie mieszaniny reakcyjnej, której przykład zamieszczony jest w tabeli:

Po sporządzeniu mieszaniny przeprowadza się w termocyklerze reakcję SRAP-PCR. Przykładową reakcję przedstawia tabela:

W celu wizualizacji produktów reakcji i identyfikacji ewentualnych polimorfizmów przeprowadza się elektroforezę.

SRAP-PCR jest techniką stosowaną w genetyce roślin uprawnych, do:

• charakteryzowania plazmy zarodkowej;
• identyfikacji odmian;
• mapowania molekularnego;
• klonowania genów roślin uprawnych;
• wykrywania zamian w ORF^[2].

Do głównych zalet techniki SRAP-PCR można zaliczyć:

• małej ilość matrycowego DNA, niezbędna do przeprowadzenia reakcji;
• dobry poziom wykrywania polimorfizmu u wielu gatunków roślin;
• możliwość wykrywania markerów bez wcześniejszej wiedzy o sekwencji genomu;
• technika stosunkowo tania do wykonania;
• nie wymaga specjalistycznej aparatury^[2].