Tobio fez sua estréia pelo Vélez Sársfield no dia 1 de março de 2008. Em 2009, ele fez parte da equipe que ganhou o torneio Clausura, apesar de ele não ter jogado todos os jogos. Em 2011, jogou o Campeonato Clausura 2011, jogando ao lado de Sebastián Domínguez e Fernando Ortiz. Tobio terminou o torneio como titular, substituindo o lesionado Fabián Cubero como zagueiro e ainda no mesmo ano jogou cinco jogos da Copa Libertadores 2011, marcando um gol na semifinal contra o Peñarol.
Após a saída de Fernando Ortiz do Vélez após a temporada 2011-12, Tobio se tornou titular do Vélez, jogando ao lado de Sebastián Domínguez como zagueiro, e ajudando a equipe a obter o título da liga.
Palmeiras
Após a chegada do técnico Ricardo Gareca ao Palmeiras, houve o interesse do time paulista na contratação de Tobio. Este, já estava em fim de contrato com o Vélez Sarsfield. O jogador, logo que viu a proposta começou a querer jogar no time alviverde, por conta de seu relacionamento com Gareca. Em 6 de Junho de 2014 representantes do Palmeiras foram até a Argentina para a finalização do contrato. No dia seguinte, foi anunciada a contratação de Fernando Tobio pelo time paulista, e o contrato seria assinado após o aval do clube argentino.[2] Em 26 de junho de 2014 o Palmeiras anunciou a contratação do zagueiro Tobio, numa duração de contrato de cinco anos.
Tobio fez seu primeiro gol pelo time alviverde no dia 20 de julho, sua segunda partida pelo clube, numa derrota por 2 a 1 pelo Cruzeiro no Pacaembu.
Boca Juniors
Sem espaço no Palmeiras, Fernando Tobio foi emprestado para o Boca Juniors em 28 de junho de 2015, pelo período de 1 ano.
Em agosto de 2016, Tobio foi novamente emprestado ao Boca Juniors.[3]
Seleção Argentina sub-20
Em janeiro de 2009, Tobio foi chamado para a seleção sub-20 argentina para disputar o Campeonato Sul-Americano de Futebol Sub-20 de 2009, na Venezuela. Ele jogou todos os nove jogos e terminou o campeonato com seu time em sexto.
Em Novembro de 2010, Tobio foi selecionado para a seleção argentina, mas não foi utilizado.[4]