Era filho de Andries Wilhelmus Jacobus Pretorius, um general bôer que chefiou numa expedição punitiva que culminou com o massacre dos zulus, às margens de um rio que passou a ser conhecido como Blood River ("rio do sangue"), pois suas águas teriam ficado tingidas pelo sangue dos zulus mortos.
Em 1855, Marthinus Pretorius fundou a cidade de Pretória, na parte central do Transvaal. Desde 1994, essa região corresponde à província de Gauteng.