В 1971 году защитил в Институте востоковедения АН СССР кандидатскую диссертацию на тему «Грамматическая система форм вежливости современного японского литературного языка». С 1972 года работал в Институте востоковедения АН СССР/РАН, в том числе длительное время — в должности заместителя директора. В 1983 году защитил докторскую диссертацию «Проблемы морфемы и слова в современном японском языке».
C 29 мая 2008 года — член-корреспондент Российской академии наук по отделению историко-филологических наук.
28 апреля 2012 года на общем собрании Института языкознания РАН большинством голосов избран директором этого института, находился в должности один пятилетний срок (до 2017 года).
C 1993 года читает в МГУ (ОТиПЛ) и РГГУ курс «История лингвистических учений».
Научная деятельность
Изучает восточные языки (в особенности японский), участвовал в работе над коллективной монографией «Части речи. Теория и типология» (М., 1990). В его кандидатской и докторской диссертациях материал японского языка используется для постановки более общих теоретических вопросов о природе слова и морфемы, грамматической категории, агглютинации и некоторых других известных проблем общей морфологии и теории грамматики.
К важнейшей части научных интересов В. М. Алпатова относится история языкознания (особенно русского). В этой области он является одним из ведущих специалистов России. Он автор выдержавшего несколько переизданий учебного пособия по истории лингвистических учений, охватывающего в кратких очерках эпоху от зарождения первых лингвистических знаний до середины XX столетия. Не менее существенны исследования В. М. Алпатова по истории российской лингвистики советского периода: ему принадлежат монографии о лингвистических взглядах М. М. Бахтина и В. Н. Волошинова, о судьбах славистов и тюркологов в эпоху большого террора (совместно с Ф. Д. Ашниным) и, наконец, о личности Н. Я. Марра и судьбе его «нового учения о языке». Работы В. М. Алпатова по истории науки, рассчитанные на достаточно широкий круг читателей, играют важную общественную и публицистическую роль, отстаивая позиции научного мировоззрения.
Среди трудов учёного немалое место занимают и исследования по социолингвистике, касающиеся языковой ситуации в Японии, а также языковой политики в СССР на разных этапах его существования. Он также автор научно-популярных книг о Японии.
Основные работы
Категории вежливости в современном японском языке. М.: Наука, 1973. 107 с. (Изд. 2-е. М.: УРСС, 2006. 146 с. Изд. 3-е. М.: УРСС: Либроком, 2009. 145 с. Изд. 4-е. М.: УРСС, 2011. 145 с.)
Структура грамматических единиц в современном японском языке. М.: Наука, 1979. 149 с.
Япония: язык и общество. М.: Наука, 1988. 136 с. (Изд. 2-е, дополненное. М.: Муравей, 2003. 208 с.)
Методические указания по курсу «Лексикология японского языка». Владивосток: ДВГУ, 1981. 48 с.
Изучение японского языка в России и СССР. М.: Наука, 1988. 189 с. ISBN 5-02-016611-1.
150 языков и политика: 1917—1997. Социолингвистические проблемы СССР и постсоветского пространства. М.: Институт востоковедения РАН. 1997. 192 с. ISBN 5-89282-022-X (Изд. 2-е, дополненное (…1917—2000). М.: Крафт + Институт востоковедения РАН, 2000. 224 с.)
Грамматика японского языка: Введение. Фонология. Супрафонология. Морфонология. М.: Восточная литература, 2000. 149 с. (в соавт. с И. Ф. Вардулем, С. А. Старостиным) ISBN 5-02-018138-2.
Москва лингвистическая / Научный совет Российской Академии наук по изучению и охране культурного и природного наследия. — М.: Изд-во Института иностранных языков, 2001. — 104 с. — (Природное и культурное наследие Москвы). — 500 экз. — ISBN 5-88966-028-4.