Название Великая Колумбия используется для того, чтобы не путать современную Республику Колумбию с государством, существовавшим до 1831 года. Термин Великая Колумбия никогда не использовался во время существования государства и был придуман историками.
Первоначально на Конгрессе предлагалась структура федеративной республики, состоящей из трёх департаментов со столицами в городах Богота (Департамент Кундинамарка), Каракас (Департамент Венесуэла), и Кито (Департамент Кито). В 1819 году ещё не все бывшие вице-королевства были освобождены от колониальной зависимости.
Текст конституции новой республики был предложен на Конгрессе в Кукуте, по ней столица переносилась в Боготу. В конституции предусматривался высокий уровень централизации управления страной, что было необходимо с точки зрения координации военных усилий для обороны молодой страны, поэтому текст конституции был поддержан даже рядом убеждённых федералистов. Было утверждено новое административное разделение — Венесуэла, Кундинамарка и Кито делились на меньшие административные единицы. Боливар был выбран президентом страны, вице-президентом стал Франсиско де Паула Сантандер.
В первые годы существования Великая Колумбия помогала другим территориям, ещё находившимся под контролем Испании, бороться за независимость — Панама вошла в состав федерации в 1821 году, как и ряд провинций Кито и Венесуэлы. В 1822 году была присоединена Свободная провинция Гуаякиль.
Перу обрела независимость в 1824 году с помощью Великой Колумбии. В 1826 году Боливар и Сантандер были переизбраны на второй срок.
После завершения войны с Испанией разногласия между сторонниками единого государства и сепаратистами обострились. Постоянные призывы к увеличению влияния региональных властей (в том числе связанные с финансовыми и коммерческими разногласиями) способствовали конфронтации между регионами и требовали постоянного поиска компромиссов.
Принимаемые решения не могли удовлетворять всех участников, поэтому государственная власть находилась в весьма неустойчивом положении.
Боливар хотел объединить Латинскую Америку, но не мог этого достичь в течение всего периода борьбы за независимость. Республика Великая Колумбия была первой попыткой создать единое латиноамериканское государство. Большинство латиноамериканских политиков не поддерживало идею единого государства, и Боливар, разочаровавшись, прекратил работу над проектом и оставил пост президента в 1830 году.
После отставки Боливара внутренние противоречия ещё больше обострились, дошло до того, что генерал Рафаэль Урданета временно захватил власть в Боготе для того, чтобы, используя свой авторитет, вернуть пост президента Боливару.
Департамент Кундинамарка (как было решено в Ангостуре) стал новой страной, называвшейся Республика Новая Гранада. В 1863 году Новая Гранада изменила официальное название на Соединённые Штаты Колумбии, а в 1886 году приняла название, существующее до сегодняшнего дня — Республика Колумбия. Панама оставалась областью этой страны до 1903 года, когда при поддержке Соединённых Штатов Америки в обмен на передачу прав США на строительство и дальнейшую эксплуатацию Панамского канала Панама стала независимой.
За исключением Панамы (которая получила независимость позже), цвета флагов стран, образовавшихся на территории Великой Колумбии, напоминают о флаге Великой Колумбии:
Флаги современных стран, появившихся после распада Великой Колумбии
↑Los nombres de Colombia (неопр.). Alta Consejería Presidencial para el Bicentenario de la Independencia de Colombia. Дата обращения: 12 августа 2016. Архивировано из оригинала 18 сентября 2016 года.