С ноября 1916 года — командир отделения 525-го пехотного Кюрюк-Даринского полка[4], с октября 1917 года — командир роты в этом полку. Полк воевал в составе 132-й пехотной дивизии. Подпрапорщик. Демобилизован в апреле 1918 года.
В межвоенный период продолжал службу в той же дивизии. С ноября 1921 года был помощником командира 11-го стрелкового полка, с мая 1922 года командовал батальоном в 4-м стрелковом полку, с сентября 1922 года исполнял должность командира 4-го стрелкового полка, а с августа 1924 года был помощником командира этого полка.
С августа 1926 года был помощником командира 98-го стрелкового полка 33-й стрелковой дивизии в Белорусском военном округе, с октября 1926 — помощником командира 109-го стрелкового полка 37-й стрелковой дивизии.
С ноября 1926 года командовал 80-м стрелковым полком 27-й Омской стрелковой дивизии.
С октября 1931 года был помощником командира 29-й стрелковой дивизии БелВО, с февраля 1932 года — командир и военком 5-й Витебской стрелковой дивизии.
В начале июля 1941 года 22-я армия вступила в Смоленское сражение и оборонялась на северном фланге Западного фронта. Упорная оборона армией города Полоцка сыграла важную роль в сдерживании продвижения немецко-фашистских войск. После 16 июля под ударами превосходящих сил противника 22-я армия частично попала в окружение (51-й ск, кратковременно 62-й ск). Командарму Ф. А. Ершакову удалось вывести основную часть подразделений окружённых войск, после чего к концу июля 22-я армия заняла оборону на фронте река Ловать — Великие Луки — озеро Двинье.
Памятник на месте захоронения генерал-лейтенанта Ф. А. Ершаковa
В результате нового немецкого наступления в конце августа — начале сентября основные силы 22-й армии были окружены и разгромлены в районе Великих Лук. В сентябре 1941 года после выхода из окружения Ф. А. Ершаков был назначен командующим 20-й армии.
В октябре 1941 года в ходе операции «Тайфун» немецкие войска прорвали оборону советских войск и замкнули кольцо в районе Вязьмы. В окружении оказались несколько советских армий, включая и 20-ю армию Ершакова. Соединения 20-й армии мужественно сражались в окружении, а часть войск и управление армии вышли из окружения.
2 ноября 1941 года в районе города Сухиничи командарм Ершаков попал в немецкий плен. Филипп Афанасьевич Ершаков содержался в концлагере Хаммельбург, где и погиб 9 июня 1942 года. Захоронен на лагерном кладбище[6][7].
↑ПРИКАЗ РЕВОЛЮЦИОННОГО ВОЕННОГО СОВЕТА СОЮЗА СОВЕТСКИХ СОЦИАЛИСТИЧЕСКИХ РЕСПУБЛИК по личному составу армии № 101. 23 февраля 1928 года. Москва. — М.: Центральная Типография НКВМ, 1928. — С. 11. — 36 с. — 430 экз.
Коллектив авторов. Великая Отечественная. Командармы. Военный биографический словарь / Под общей ред. М. Г. Вожакина. — М.; Жуковский: Кучково поле, 2005. — С. 72—73. — ISBN 5-86090-113-5.
Северный Сталинград. Великие Луки в Великой Отечественной войне 1941—1945. / составитель В. Н. Павлов. — Великие Луки, 2008. — 568 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-350-00153-2.
Коллектив составителей и редакторов. Военный совет при народном комиссаре обороны СССР. 1938, 1940 гг.: Документы и материалы.. — М.: РОССПЭН, 2006. — 336 с. — 1000 экз. — ISBN 5-8243-0694-X.