↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 23 марта 2019 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, обновлено по состоянию на 23 марта 2019 года.
Фагнер начал профессиональную карьеру в клубе «Коринтианс» в возрасте 17 лет. В бразильской Серии А он дебютировал в матче против «Форталезы». Для получения игровой практики в 2007 году он выступал на правах аренды за «Виторию» из Салвадора.
После молодёжного чемпионата Южной Америки Фагнер перешёл в нидерландский ПСВ. 25 августа в матче против НЕК он забил свой первый гол в Эредивизи[3]. Из-за высокой конкуренции Фагнер почти не выходил на поле, приняв участие всего в 3 поединках чемпионата. Несмотря на это он смог стать чемпионом Нидерландов и завоевать национальный кубок.
В 2009 году Фагнер вернулся на родину, подписав контракт с «Васко да Гама». 11 июля в матче против «Понте-Прета» он дебютировал за новый клуб[4]. 24 октября в поединке против «Байи» Фагнер забил свой первый гол за «Васко»[5]. В том же году он помог команде выиграть Серию B и выйти в элиту. В 2011 году Фагнер помог команде завоевать Кубок Бразилии и попал в символическую сборную по итогам сезона.
В 2012 году немецкий «Вольфсбург» за 3 млн евро выкупил трансфер Фагнера. Контракт был подписан на четыре года. 25 августа в матче против «Штутгарта» он дебютировал в Бундеслиге[6]. По окончании сезона Фагнер загрустил по родине и выразил желание вернуться в Бразилию. Летом 2013 года он на правах аренды вернулся в «Васко да Гама», а в начале 2014 года был арендован своим родным клубом «Коринтиансом». 5 февраля 2015 года в матче первого этапа Кубка Либертадорес против колумбийского «Онсе Кальдас» Фагнер забил свой первый гол на международном уровне[7]. В 2015 году он помог команде выиграть чемпионат.