Под названием «Эвис-2» клуб принял участие в Кубке Украины 1993-1994, где проиграл в 1/64 финала. В 1996 году под названием СК «Николаев-2» выступала в любительской лиге, где заняла последнее место в группе из трех команд, проиграла все матчи и снялась с соревнований после первой половины сезона.
МФК «Николаев-2» является второй лучшей командой в истории чемпионатов Николаевской области (после «Колоса» (Степное)). В сезонах 1998/99, 1999 (осень), 2000 и 2002 годах команда завоевывала серебряные медали областного чемпионата, а в сезоне 1995/96 была бронзовым призером соревнований, а в 2000 году команда стала финалистом Кубка Николаевской области. С сезона 2017/18 выступал во Второй лиге Украины.