Название «Новая» возникло в XIX веке, происходит от деревни Новая в Ульянке, входившей в имение Лигово. Рядом с деревней Новой в XIX веке был кирпичный завод.
Также южнее Балтийской железной дороги на реке стояла деревня Ново-Койрова. Русло реки Новой - это бывшее русло Койровского ручья (Большая Койровка), перерезанное Лиговским каналом в XVIII веке и взлётно-посадочной полосой аэропорта Пулково в XX веке. Река брала исток у Дудергофских высот и имела длину около 20 км до впадения в Финский залив.
В 2017 и 2018 годах жители юга Петербурга обеспокоились странным цветом воды в реке, странным запахом, появлением мёртвой рыбы и мёртвых уток в её русле. Активисты приносили мёртвых уток к приёмной депутата Заксобрания Сергея Никешина, требуя разобраться в причинах. Проверки выявили в воде запрещенные к сбросу этиленгликоль, этанол и ацетон[2], что стало результатом промышленных сбросов выше по течению. Среди подозреваемых в этом предприятий оказался аэропорт «Пулково», было возбуждено уголовное дело[3]. С территории аэропорта Пулково попадали в Новый канал и далее в реку Новую загрязняющие вещества — компоненты жидкостей против обледенения.
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 85. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.