В 1884—1888 годах находился в командировке для работы в зарубежных архивах, посетил Афины, остров Патмос, Берлин, Париж, Рим, Вену, Лондон, Барселону и другие города. После завершения командировки, с 16 августа 1888 и до 1 января 1910 года состоял приват-доцентом Петербургского университета. В 1890 году вышла его магистерская диссертация на тему «О хронике Козьмы Пражского», высоко оценённая научным сообществом; 20 марта 1892 года он получил степень магистра всеобщей истории. В 1898 году его избрали членом-корреспондентом Императорской академии наук[2].
В 1913 году он переехал Юрьев, где 1 августа 1914 года стал ординарным профессором по кафедре всеобщей истории на историко-филологическом факультете Юрьевского университета. С 10 октября 1917 года — заслуженный профессор университета.
В 1918 году, в связи с немецкой оккупацией Прибалтики, Юрьевский университет (вместе с преподавателями и учащимися) был эвакуирован в Воронеж и переименован в Воронежский университет, первым ректором которого был назначен В. Э. Регель. На этой должности он находился с 1918 по 1925 годы. Затем работал директором основанного им же Музея древностей и изящных искусств Воронежского государственного университета.
Совместно с В. Г. Васильевским Регель был редактором византиноведческого журнала «Византийский временник» (в 1894—1899 гг.), который задумывался ещё в 1892 году. После смерти В. Г. Васильевского, Регель был единоличным редактором журнала (в 1900—1914 гг). Во время пребывания в Юрьеве он издал три тома журнала «Византийское обозрение» (1915—1917 гг.).
Основные научные работы
Монографии
Регель В. Э. Хрисовулы афонского монастыря Ватопед. — СПб., 1898.
Regel W. Analecta Byzantino-Russica — Petropoli, 1891. — CLIV+153 p.
Regel W. Uber die Chronik des Cosmas von Prag. — Dorpat, 1892.
Статьи
Регель В. Э. Учредительные грамоты Пражской епархии // Сборник статей по славяноведению, составленный и изданный учениками В. И. Ламанского по случаю 25-летия его научной и профессорской деятельности. — СПб., 1883. — С. 265—330.
Регель В. Э. О городе Даскилии и Даскилийском озере // Журнал Министерства Народного Просвещения. — 1887. — Ч. CCLI (251). — С. 1—7.
Регель В. Э. О хронике Козьмы Пражского // Журнал Министерства Народного Просвещения. — 1890. — Ч. CCLXX (270). — С. 221—261.; Ч. CCLXXI (271). — С. 108—148; отд. изд. — СПб.: тип. В.С. Балашева, 1890. — 83 с.
Регель В. Э. Хрисовулл императора Андрея Палеолога 13 апреля 1483 года // Византийский Временник. — 1894. — Т. I. Вып. 1. — С. 151—158.
Регель В. Э. О трудах болгарского архиепископа Димитрия Хоматиана // Византийский Временник. — 1894. — Т. I. Вып. 1. — С. 259—260.
Регель В. Э. О составлении перечня византийских грамот и писем // Византийский Временник. — 1894. — Т. I. Вып. 1. — С. 249—252.
Регель В. Э. Год первого нашествия русских на Константинополь // Византийский Временник. — 1894. — Т. I. Вып. 1. — С. 258—259.
Регель В. Э. О городе Плотинополе // Commentationes Philologicae. В честь И. В. Помяловского, к 30-й годовщине его ученой и педагогической деятельности. — СПб., 1897. — С. 147—151.
Лаптева Л. П. В. Э. Регель как византинист // Византия. Средиземноморье. Славянский мир: Сборник. — М.: Московский государственный университет, 1991. — С. 130—140.
Лаптева Л. П. Изучение истории славян // Славяноведение в дореволюционной России. — М.: Наука, 1988. — С. 225—249.
Медведев И. П. В. Э. Регель как основатель и редактор «Византийского временника» // Архивы русских византинистов в С.-Петербурге. — СПб.: Дмитрий Буланин, 1995. — С. 157—180.
Медведев И. П. Петербургское византиноведение. Страницы истории. — СПб.: Алетейя, 2006. — 334 с.
Эрингсон Л. К. Из истории эвакуации Тартуского университета (1915—1918 гг.) // Учёные записки Тартуского университета. — 1970. — Вып. 258. — С. 288—313.