Был оставлен при кафедре химии Казанского университета для подготовки к профессорскому званию, но в конце 1889 года по приглашению В. В. Марковникова перешёл в Московский университет. До 1896 года состоял сверхштатным лаборантом при лаборатории органической и аналитической химии; при этом с 1893 года, после сдачи магистерского экзамена, в качестве приват-доцента читал факультативные курсы: «Периодическая система химических элементов», «История химии», «Органическая химия (ароматический ряд)» и др.
"Большим успехом у студентов пользовался и А. Н. Реформатский, тогда ещё приват-доцент кафедры химии. Он читал нам необязательный курс неорганической химии — «Периодическая система химических элементов». Он был действительно блестящим лектором, и его аудитория всегда наполнялась до отказа; закончив лекцию он сходил с кафедры под наши бурные аплодисменты.
Одновременно с работой в Московском университете с 1898 года он был профессором Московских коллективных курсов (преобразованных в 1900 году в Высшие женские курсы, а в 1918 — во 2-й МГУ). Также в 1898—1906 годах он был профессором Московского технического училища, а в 1906—1916 гг. — директором Московской практической академии. Читал курсы «Общая (неорганическая) химия», «Общая (органическая) химия».
Стал магистром химии, защитив в мае 1908 года в Казанском университете работу по теме «Одноатомные непредельные спирты жирного ряда. Синтез спиртового ряда CnH2n-5OH» (М.: тип. т-ва И. Д. Сытина, 1908. — 408 с.). В 1911 году покинул Московский университет в связи с делом Кассо и вернулся в него в мае 1917 года — приват-доцентом химии; с октября 1918 года — профессор. В конце 1917 года был привлечён к работе в Наркомпросе, избран деканом физико-математического факультета МГУ (1919), профессором кафедры химии (1919), деканом химико-фармацевтического факультета 2-го МГУ, а также профессором Академии коммунистического воспитания.
В 1902 году А. Н. Реформатский напечатал учебник по неорганической химии, выдержавший затем 26 переизданий. Вслед за ним вышел второй учебник — «Органическая химия», переиздававшийся семь раз:
Лекции неорганической химии. Вып. 1—3. — М.: т-во тип. А. И. Мамонтова, 1901
Вып. 1. Введение. — [2], 66 с.
Вып. 2. Специальная часть. Водород. Металлоиды. — [2], 67—200 с.
Вып. 3. Металлы. — [2], VI, 201—288 с.
Химия и жизнь природы / составил приват-доцент Московского университета А. Реформатский. — М.: Тип. Т-ва И. Д. Сытина, 1903. — 40 с.
Неорганическая химия: Допущено в качестве учебника Ком-том по высш. техн. образ. при ЦИК СССР / Проф. А. Н. Реформатский. — М.;Л.: Госхимтехиздат, 1933 (Л. : тип. им. Евг. Соколовой). — 400 с.
Зефирова О Н. РЕФОРМАТСКИЙ Александр Николаевич // А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков Императорский Московский университет: 1755—1917 : энциклопедический словарь. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 617—618. — ISBN 978-5-8243-1429-8.
Каблуков И. А. Памяти А. Н. Реформатского // Успехи химии. — 1938. — Т.7. Вып.2.