Хоссейн Фараки начинал свою карьеру футболиста в 1976 году в тегеранском клубе ПАС, за который и провёл большую её часть. В составе этой команды он дважды становился чемпионом Ирана (в сезонах 1976/77 и 1977/78). Он был лучшим бомбардиром 1978/79, который не был закончен из-за политических событий в стране.
Хоссейн Фараки начинал свою тренерскую карьеру в качестве помощника главного тренера клуба ПАС. Он работал там под началом таких специалистов как Эбрахим Гасемпур, Фируз Карими и Биджан Золфагарнасаб. После шести лет в качестве ассистента Фараки стал исполняющим обязанности главного тренера ПАС после отставки Гасемпура в 2000 году. Он оставался на посту до окончания чемпионата 1999/00, по итогам которого ПАС занял седьмое место. Фараки покинул клуб после прихода в команду главного тренера Фархада Каземи.
Затем он работал помощником главного тренера сборной Ирана, в период когда её возглавлял хорватский специалист Бранко Иванкович. Также Фараки занимал должность главного тренера молодёжной сборной Ирана с 2003 по 2006 год. В 2010 году тегеранский «Кавех» под его руководством вышел в Лигу Азадеган. 1 июля того же года он возглавил «Нафт Тегеран», дебютировавшего в Про-лиге. По итогам первого сезона клуб сохранил место в лиге, а в следующем — и вовсе стал пятым. Фараки не стал продлевать контракт с «Нафт Тегераном», подписав 5 июня 2012 года двухлетнее соглашение с клубом «Фулад». Под его руководством команда впервые за долгое время смогла завоевать путёвку в Лигу чемпионов АФК, заняв четвёртое место в Про-лиге 2012/13. Фараки привёл «Фулад» к титулу чемпиона Ирана в сезоне 2013/14, после чего оставил свой пост из-за необходимости провести операцию на колене.
9 сентября 2014 года Фараки был объявлен главным тренером «Сепахана», с которым он заключил двухлетнее соглашение[3]. Под его руководством команда стала чемпионом Ирана в первом же сезоне. 30 мая 2015 года он продлил контракт с клубом до 2018 года, но 1 ноября 2015 года после серии неудачных результатов был снят со своего поста.