↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 31 октября 2017 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Эстрада — воспитанник клуба «Энвигадо». В 2011 году он дебютировал в Кубке Мустанга. В 2007 году сыграв за клуб более 100 матчей Джонатан перешёл в «Мильонариос». Летом 2009 года на правах аренды Эстрада присоединился к испанскому «Реал Сосьедад». 29 августа в матче против «Лас-Пальмас» он дебютировал в испанской Сегунде[3]. По итогам сезона Джонатан помог клубу вернуться в элиту. После окончания аренды он вернулся в «Мильонариос».
После не очень удачного выступления в Бразилии Джонатан вернулся на родину, подписав контракт с «Индепендьенте Медельин». 5 февраля в матче против своей бывшей команды «Энвигадо» он дебютировал за новую команду[5]. 26 марта в поединке против «Атлетико Насьональ» Эстрада забил свой первый гол за «Индепендьенте Медельин»[6]. В начале 2013 года Джонатан перешёл в «Патриотас». 9 февраля в матче против «Депортиво Пасто» он дебютировал за новую команду[7]. 1 сентября в поединке против «Депортес Киндио» Эстрада забил свой первый гол за «Патриотас»[8].
В 2016 году Джонатан вернулся в «Мильонариос», в составе которого он отыграл сезон, после чего присоединился к «Атлетико Хуниор». 1 февраля 2017 года в матче Кубка Либертадорес против венесуэльского «Карабобо» он дебютировал за новую команду[12]. В этом поединке Эстрада отметился голевой передачей. Через неделю в ответном матче против «Карабобо» он забил свой первый гол за «Атлетико Хуниор»[13].