Исток находится в отрогах Кузнецкого Алатау, к востоку от посёлка Яшкино. Питание снеговое. Ледостав с начала ноября по апрель. Судоходна на протяжении 114 км от устья.
Течение реки крайне извилистое, дно песчаное и песчано-глинистое. Долина необширная, в верховьях окружена горами, в средней части слева окружена холмами, а правый берег менее возвышен; в низовьях оба берега волнисты. Берега местами обрывисты, местами низменные, отлогие. В речной долине встречается озёра и старицы, в которых обитает мелкая рыба. Берега покрыты берёзовыми и хвойными лесами. Пригодна для сплава, популярное место для рыбной ловли, в реке водятся: щука, окунь, пескарь, плотва, чебак, елец, язь.
На притоках Яи с начала 40 годов XIX столетия производилась разработка золотоносных песков. С 1887 по 1903 годы было добыто золота до 100 пудов[6].
По одной из версий, в основе названия лежит тюркское яй — «лето». Видимо, это река, где были летние стоянки[7]. По другой, название первоначально имело форму Я и могло быть южносамодийским речным термином (сравните мансийское я — «река»). Форма Яя возникла в русском употреблении[8].
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 15. Алтай и Западная Сибирь. Вып. 2. Средняя Обь / под ред. В. В. Зееберг. — Л.: Гидрометеоиздат, 1967. — 351 с.
↑Воробьёва И. А.Язык Земли (рус.). — Новосибирск: Западно-Сибирское книжное издательство, 1973. — 152 с. Архивировано 29 марта 2017 года.
↑Поспелов Е. М.Я́я // Географические названия мира: Топонимический словарь: Ок. 5000 единиц (рус.). — М.: Русские словари: Астрель: АСТ, 2002. — С. 493. — 512 с.