Впервые корпус сформирован в Рыбнице в марте 1941 года. В начале июня 1941 года связи с осложнением международной обстановки по разрешению Генерального штаба выдвинут к границе в район восточнее Бельцы. С 22 июня корпус вёл оборонительные бои против румынских войск.
2 июля 1941 года после артиллерийской и авиационной подготовки началось наступление главных сил немецко-румынских войск с рубежа Ботошаны — Яссы. Растянутые по фронту на 40—50 км дивизии корпуса сдержать удар немецких войск не смогли, к концу дня фронт на правом фланге 48-го стрелкового корпуса 9-й армии оказался прорванным, а на левом, в районе к востоку от Ясс, завязались ожесточённые бои в полосах 74-й стрелковой дивизии, 30-й горнострелковой дивизии и 95-й стрелковой дивизии. С воздуха наступление поддерживали пикирующие бомбардировщики Юнкерс-87, впервые появившиеся на Украине именно в полосе Южного фронта.
6—7 июля 1941 года корпус вёл бои в районе Кишинёва. 14 июля 1941 года под натиском противника начинает отход от Бельцы на Рыбницу. 24 июля командующий 18-й армией поставил 48-му стрелковому корпусу наступательную задачу — разгромить балтинско-кодымскую группировку противника и оказать помощь действующим севернее 6-й и 12-й армиям, попавшим под угрозу окружения. Наступление своих целей не достигло.
26 августа 1941 года корпус переформирован в управление 12 А.