Som föreningens president höll han 29 maj 1780 ett massmöte med tusentals deltagare och lade i underhuset fram en petition om lagens avskaffande, medan hans anhängare hotfullt flockade sig i korridorerna. Upproret i London växte dag för dag, katolska kapell förstördes, 6 juni hotade en uppretad folkmassa parlamentet, men förmåddes av Gordon att ge sig iväg. Därefter brände de Newgatefängelset och befriade fångarna även i andra fängelser. Gordon hade redan 5 juni förgäves manat till lugn, men lyckades inte längre behärska de krafter han initierat. 8 juni kuvades upploppet av regeringens trupper, Gordon häktades och anklagades för högförräderi, men frikändes i februari 1781.
1786 uppträdde han till försvar för Cagliostro och smädade därvid franska drottningen; för detta och för ett våldsamt anfall på rättskipningen och fängelseförvaltningen i England dömdes han 1787 till fem års fängelse. Han hade då - efter några närmanden till kväkarna - övergått till judendomen och i fängelset följde han noga sin nya religions sedvänjor. Han kunde efter strafftidens utgång inte ställa borgen för gott framtida uppförande, och stannade därför i Newgate-fängelset där han dog.