Från och med hösten 2008 har även flottan kommit tillbaka i form av 4. sjöstridsflottiljen. Flottiljen hade från hösten 2005 haft sin basering på Muskö, men för att kunna bedriva en mer rationell produktion, kommer man att verka tillsammans med Amf 1 på Berga. I och med försvarsbeslutet 2004 avvecklades Örlogsskolorna (ÖS) för att ersättas av Sjöstridsskolan (SSS), med huvudsaklig basering i Karlskrona.
Under 1940-talet påbörjades byggnation för Örlogsbas Ost på Gålö. Anläggningen på Gålö består av ett 20-tal byggnader.
Muskö
Muskö örlogsbas, eller Musköbasen, är en militäranläggning på ön Muskö i Haninge kommun. Anläggningen byggdes på 1960-talet som strategisk bas för svenska marinen. Anläggningen är till största delen insprängd i urberget på Muskö och är lika stor som StockholmsstadsdelenGamla stan. Bergsanläggningen rymmer ett flertal underjordiska dockor, verkstäder, kontor, sjukhus, reningsverk. På marknivå finns kanslihus, kaserner och diverse personalstödslokaler.
För att göra kommunikationerna till basen säkrare byggdes en tunnel, Muskötunneln. Tunneln är 3 km lång och var vid invigningen 1964 en av Europas längsta.
Trots enorma investeringar som gjorts i anläggningen beslutades genom försvarsbeslutet 2004 att avveckla Ostkustens marinbas. Det som finns kvar på Muskö idag är marinverkstädernas robotavdelning, sjöbevakningscentral och delar av Marinbasen (MarinB) i Karlskrona. Den tidigare varvsverksamheten drivs idag i privat regi av Kockums AB och Muskövarvet AB.
Längst i söder på Muskö, vid Långnabbaudde finns en torpedtestanläggning. Förut användes denna för inskjutningsprov av torpeder ut i Mysingen. Numera är denna verksamhet nedlagd. Anläggningen finns dock kvar och har fått andra användningsområden.
Militär verksamhet
Förbandskod
Förbandsnamn
Aktivt
Kommentar
Muskö örlogsvarv
1950–
Ingår sedan 2002 i Försvarsmaktens Logistik (FMLOG) och Teknikdivisionen/ MarinVarvet. Det marina fartygsunderhållet på Muskö är sedan 2007 utkontrakterat till/sköts av Kockums AB.
de Wendel, Gilbert (1999). Berga Örlogsskolor 50 år. Fälth & Hässler. ISBN 91-630-8621-2
Berg, Ejnar (2004). Vyer från kastaler, kastell och kaserner: guide över Sveriges militära byggnader : illustrerad med vykort. Stockholm: Probus. Libris9818451. ISBN 91-87184-75-3
Norling, Bengt (2007). Muskö örlogsvarv från början till.... Stockholm: Försvarsmakten. ISBN 978-91-633-1155-0