Vattendjupet är idag upp till cirka 30 meter efter att djuphålorna använts som tippningsområden. Bottensedimenten är starkt förorenade och i stort sett livlösa.
I Saltsjön finns en mer eller mindre utvecklad fyrlagerströmning, en ytvattenström med sötvatten från Mälaren, därunder en inåtgående kompensationsström. En tredje utåtgående ström bildas genom utsläppet av renat avloppsvatten från Henriksdals reningsverk och mot bottnen finns en inåtgående kompensationsström för detta vatten som syresätter botten.
Saltsjön är egentligen ett lokalt äldre namn för Östersjön med alla dess vikar och fjärdar inom Stockholms skärgård, som, till skillnad från Mälaren och andra avsnörpta inre sjöar, inte består av sötvatten utan bräckt vatten. Dess epitet (salt-) fortlever i ortnamn som Saltsjöbaden och Saltsjö-Duvnäs. Saltsjön är lokalt det mest vedertagna havsnamnet som figurerar på äldre sjökort och andra kartor.