За результатами сезону 2011/12 оригінальна команда «Вараждин», що існувала під різними назвами ще з 1931 року, була виключена зі складу Хорватського футбольного союзу[1] і відправлена до регіональної ліги за борги в 40 млн. кун[2], де грала аж до розформування у 2015 році. Того ж 2012 року муніципалітетом Вараждина була створена нова команда без боргів, що теж почала виступати у регіональних лігах[1].
2015 року команда, яка повернула собі назву та логотип збанкрутілої історичної команди[3], вийшла до Третьої ліги, а 2017 — до другої. У 2019 році команда стала переможцем Другої ліги та вперше в історії вийшла до вищого дивізіону Хорватії[4].