Святкове відкриття Генеральної Академії відбулося 6 жовтня 1929 року за участю Митрополита Андрея, а також Кир Никити Будки та єпископа-помічника Кир Івана Бучка. Це відбулося на вулиці Коперника, 36 у храмі Львівської Духовної Семінарії. Метою заснування Богословської Академії було утворення хоча б частини університету з метою підвищення рівня богословської науки. Початок Академії був важким, брак професорів розуміли і засновник і організатор Богословської Академії, тому був заснований лише Богословський факультет.
Ректором Богословської Академії став Йосиф Сліпий. Віце-ректором о. Олександр Малиновський. Викладачами були: о. проф. д-р Тит Мишковський (Біблійна історія Старого Завіту, граматика єврейської мови), о. д-р Василь Лаба (Біблійна герменевтика), о. д-р Гавриїл Костельник (логіка), о. д-р Спиридон Кархут (церковно-слов'янська мова), д-р Микола Чубатий (загальний просемінар), о. проф. д-р Йосип Сліпий (догматичне богослов'я), о. д-р Ігнатій Цегельський (моральне богослов'я), о. проф. д-р Теодосій Галущинський, ЧСВВ (Новий Завіт). та інші. Серед новомучеників УГКЦ, які були викладачами Львівської Богословської Академії були о. д-р Андрій Іщак (догматика) і о. проф. д-р Микола Конрад, який став деканом філософського відділу факультету.
Серед найважливіших досягнень Академії було написання наукових праць, серед яких «Історія Духовної Семінарії» (о. д-р Йосип Сліпий, д-р Крип'якевич, д-р Січинський, о. д-р Гаджеґа, д-р Надраґа та проф. Андрухович), «Патрологія (Три томи) та герменевтика» (о. д-р Лаба), «Нарис історії стародавньої філософії» (3 частини), «Основні напрямки новітньої соціології» о. д-р Микола Конрад та інші.
У 1945 році семінарію ліквідувано. Більшість її професорів-викладачів було заарештовано та заслано до концтаборів; приміщення, майно і бібліотеку академії конфісковано, а випускники та студенти семінарії розсіяні по всій території України та далеко за її межами. Семінарія існувала підпільно. Після отримання благословення єпископа на навчання семінарист щодня ходив на світську роботу, а вечорами у визначених місцях зустрічався з викладачем (задля безпеки навіть батькам семінарист не повідомляв про його навчання і священицькі свячення). Інші юнаки, які не мали можливості зустрітися з підпільною Церквою, а відчували покликання до священства, свій вишкіл відбували у легальних семінаріях РПЦ Московського Патріархату.
Наприкінці 1980-х — початку 1990-х років УГКЦ вийшла з підпілля. Деякі священики РПЦ із греко-католицького підпілля повернулися до лона Греко-Католицької Церкви. Потрібно було приміщення, де б виховувалися, навчалися майбутні ченці. Були навіть спроби повернути приміщення колишньої Львівської духовної семінарії Святого Духа, що розташоване на вул. Коперника у Львові, але усі спроби виявилися марними. Тоді повстало питання про інше місце. Була запропонована територія колишнього піонерського табору «Гранада», який знаходився у мальовничій лісовій місцевості на околиці селищаРудне. Так, у 1990 році Львівська духовна семінарія Святого Духа офіційно відновила свою діяльність на теренах Львівщини. Нині комплекс споруд семінарії складається з навчального корпусу; церкви-каплиці Святого Рівноапостольного князя Володимира, освячена 15 квітня 2000 року владикою Любомиром та декількох будівель господарського призначення.
З приходом на посаду ректора семінарії отця-доктора Богдана Праха, від 1999 року розпочалася праця над проєктуванням та будівництвом нового комплексу Духовно-освітнього центру УГКЦ безпосередньо у Львові. Міська влада виділила під це будівництво територію площею близько 17 га на вулиці Хуторівка (нинішній проспект Святого Івана Павла ІІ) у Львові. Посвячення ділянки під будівництво Богословського Центру відбулося у 2000 році. Починаючи від 2001 року розпочато проектування нової будівлі Львівської Духовної семінарії у Львові. Протягом 2001—2005 років, за проєктом групи архітекторів проектної фірми «Сенс-ПП», було збудовано новий комплекс споруд у складі корпусу Львівської Духовної семінарії, Богословсько-філософського факультету Українського католицького університету, господарського корпусу семінарії та будівлі студентату оо. Редемптористів на цій території. Посвячення новозбудованого комплексу Львівської Духовної Семінарії УГКЦ відбулося у серпні 2005 року за участі Патріярха Любомира (Гузара) та членів Синоду єпископів УГКЦ.
За реалізацію цього комплексу Указом Президента України № 569 про присудження Державних премій України в галузі архітектури 2008 року авторська група у складі керівника авторського колективу Дацишина Євгена Васильовича, автора ідеї Горалевича Юрія Володимировича, архітекторів Верхоли Юрія Володимировича, Стоцько Ростислава Зіновійовича, Хамара Олега Степановича, інженерів-будівельників Луціва Олексія Павловича, Філя Степана Михайловича, та почесного ректора Львівської Духовної Семінарії Святого Духа отця-доктора Праха Богдана Павловича була відзначена Державною премією України в галузі архітектури;[4]
↑Список ректорів семінарії від її заснування до 1945 року подано за: Микола Пристай. Львівська греко-католицька семінарія 1783—1945. — Львів-Рудно, 2003. — С. 454—455.