Урочисто відкрита 1 жовтня 1838 року на розі Олександрівського проспекту і вулиці Поштової під іменем Херсонської духовної семінарії (до 1871 року) за архієпископа Херсонського і Таврійського Гавриїла (Розанова), першого правлячого архієрея Херсонської єпархії. У 1903 році переїхала в новий будинок на Канатній вулиці.
Була закрита у 1920 році наказом Губернського відділу народної освіти. Будівля передана Одеському сільгоспінституту.
Була відновлена у 1945 році за Керуючого єпархією єпископа Сергія (Ларіна) як Пастирсько-богословські курси, через рік реорганізованні в семінарію, в будівлі Пантелеймонівського подвір'я.
У 1961 році була виселена в готельні корпуси Успенського монастиря Одеси і ледве уникла закриття.
У 1967 році, за ректора архімандритаАгафангела (Саввіна), була зроблена перебудова приміщень і відкрито церковно-археологічний кабінет; у 1969 році побудований новий двоповерховий корпус, в якому розмістилися кабінет ректора, класні аудиторії, бібліотека та читальний зал; в 1977 році — чернецький корпус та актовий зал. У 1980 році був відтворений храм на честь апостолаАндрія Первозваного, освячений 18 липня митрополитом Сергієм (Петровим) .
Сучасний стан
Навчання здійснюють 30 викладачів на чолі з ректором протоієреєм Димитрієм Яковенко.
При семінарії діють регентське і золотошвейне відділення; видається пастирсько-богословський журнал «Андріївський вісник».