对于伊凡六世的埋葬地,史学界一直有两种观点,一种观点认为是在位于今列宁格勒州季赫溫市的圣母升天修道院,一种观点认为是在其被关押的什利謝利堡。2010年9月,俄罗斯一支考古队伍在阿尔汉格尔斯克州霍爾莫戈雷村的一处被毁于苏联时期的教堂附近发现了确信是伊凡六世的坟墓。尸检结果表明,死者的身高和年龄与伊凡六世相符,致命伤所在位置也与史书记载一致,特别是颅骨上有一处六个月大时被一把意大利三棱匕首留下的伤痕,与当时宫廷御医的记载有相符之处[1]。但这支考古队的负责人阿纳托利·卡拉宁是一名商人,而不是考古学家,发掘的方式也不科学。圣彼得堡市议员、考古学家阿列克谢·科瓦廖夫(俄语:Ковалёв, Алексей Анатольевич)就此向阿尔汉格尔斯克州检察院提出质询,但检察院表示,发掘过程中未发现违法行为,俄罗斯正教会阿尔汉格尔斯克教区(俄语:Архангельская епархия)的一位神父及时采取了措施,避免了伊凡六世的疑似埋葬地被毁,因为那里正准备拆除一座水塔[5]。