在三年長官任期期滿1629年夏被撤職前,1628年9月率船前往福建、廣東沿海貿易,以「東印度議員暨統領福爾摩沙島、台灣城長官」的名義(荷蘭語:raedt van India ende gouverneur over het eijlandt Formosa ende het fort Zeelandia),與由盜轉為官的游擊鄭芝龍(Overste Mandarijn van de provincia van Amoij ende admirael van de Chineesche zee,廈門區總兵、中國海司令)簽訂貿易協定。然而鄭芝龍與納茨的契約交易,其裝滿貨物的船隻,被後來反叛鄭芝龍的前部屬李魁奇劫走。
1629年6月,努易茲待退交接之前,接獲漢人海盜三腳大爺(Sachataija)在麻豆社一帶出沒的線報,6月13日親自率領精兵前往麻豆社一帶剿滅漢人海盜,受到麻豆人熱烈歡迎,在此除尋獲空船和配備外,並無發現任何人影,部隊只能無功而返。麻豆人稱為感謝荷軍剿滅海盜,設宴招待。努易茲先行返回熱蘭遮城,留下參加宴會的荷軍。部隊返回大員時,麻豆人護送隨行,渡灣裏溪(下游漚汪溪,荷蘭人後改稱「Verraders of Moordenaars Rivier」,為「背叛者或謀殺者之河」,即「刣人溪」之意,為古曾文溪改道前的河道,今將軍溪)時,麻豆人佯稱好意替士兵們扛槍,揹他們渡河。此時一聲號令下,將解除武裝的荷蘭士兵同時翻倒在河中,埋伏在岸邊樹叢的麻豆、蕭壠、灣裏三社聯軍衝出擊殺,除烏奴及漢人通譯外的63名荷軍全遭殲滅。[註 1]蕭壠社同日也擊殺3名在社內的荷蘭人。三社聯軍同時另派遣戰士前往新港社追擊長官努易茲,在追兵抵達前半小時接獲密報,狼狽逃脫。三社聯軍搗毀赤崁的荷蘭人住屋,牲棚與牲畜,所有荷蘭財產均破壞殆盡。此役造成熱蘭遮城駐軍折損約四成兵力,剩餘駐軍不及100人,且有戰力者不及其中四分之一,大員駐軍岌岌可危。荷蘭人事後調查,認為是在灣裏社的漢人通事鬍鬚仔(Hoytsee或Hoytche)所密謀。
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甘為霖. Part I.3.5–7.努易茲長官時代;長官被挾持日誌(濱田彌兵衛事件);努易茲的中國貿易簡述. Formosa under the Dutch [荷蘭時代的福爾摩沙]. 由李雄揮翻译. 翁佳音校訂 修訂新版. 台北市: 前衛. 2017-09: 84–120 [法蘭汀《新舊東印度誌》1726年;甘為霖英譯本1903年]. ISBN 978-957-801-817-4.
François Valentijn. Vierde Deels Tweede Stuk: Vierde Boek "Tayouan of Formosa": Vierde Hoofdstuk [第四卷之二後半·第四部 大員又名福爾摩沙·第四章]. Oud en Nieuw Oost-Indiën [新舊東印度誌]. Dordrecht: Joannes van Braam; Amsterdam: Gerard onder de Linden. 1726: 33–93 –通过荷蘭萊頓大學圖書館 數位館藏 數位檔案1002-1064頁 (荷兰语).