بدأ ناكاتا مسيرته الكروية في عام 1995 مع نادي شونان بلمار، ولعب له لمدة 3 مواسم وشارك خلالها في 85 مباراة وسجل 16 هدف، وفي عام 1998 انتقل إلى أوروبا ولعب مع نادي بيروجيا الإيطالي، واستمر باللعب معهم لمدة سنتين، وشارك خلالها في 48 مباراة وسجل 12 هدف، وفي موسم 2000/2001 انتقل إلى نادي روما الإيطالي، وساعدهم على الفوز بالدوري الإيطالي، وقد لعب في ذلك الموسم 30 مباراة وسجل 5 أهداف.
و في عام 2001 انتقل إلى نادي بارما الإيطالي، ولعب معه لمدة ثلاثة مواسم، وشارك خلالها في 67 مباراة وسجل 5 أهداف، وفي عام 2004 أعير إلى نادي بولونيا الإيطالي، ولعب معهم 17 مباراة وسجل هدفين، وفي موسم 2004/2005 انتقل إلى نادي فيورنتينا، ولعب معهم 26 مباراة ولم يسجل أي هدف، وفي موسم 2005/2006 انتقل إلى نادي بولتون واندرز الإنجليزي، ولعب معهم 16 مباراة وسجل هدف واحد.
قد صرح ناكاتا بأن المسلسل الكارتوني الكابتن تسوباسا كان مصدر الهامة في صغره.
اعتزل ناكاتا مبكراً بعمر 29 سنة وسبب اعتزاله انه صرح بعد اعتزاله ب7 سنوات قائلا:(لقد اعتزلت عندما ادركت ان كرة القدم لم تعد لعبة بل تجارة)، وأضاف «اعتزالي المبكر لم يكن قراراً سهلاً، لكن القرار جاء بعدما لم أشعر أنني ألعب مع فريق، وإنما ألعب مع جماعة أخرى من أجل المال وليس من أجل المتعة، لم يعد الفريق عائلة».[7]