Breckinridge war der Sohn von Joseph und Mary Clay (Smith) Breckinridge und damit Spross einer mächtigen Familie. Sein Großvater war John Breckinridge, Justizminister unter PräsidentThomas Jefferson. Er besuchte zunächst die Pisgah Akademie im Woodford County, Kentucky und ging nach seinem Abschluss 1839 auf dem Centre College in Danville, Kentucky zum College of New Jersey, der heutigen Princeton University. Danach studierte Breckinridge Jura an der Transylvania University in Lexington, Kentucky. 1840 wurde er schließlich als Anwalt zugelassen. Zuerst betrieb er seine Anwaltskanzlei in Burlington, Iowa. Doch 1843 kehrte er nach Kentucky zurück und übersiedelte 1845 wieder nach Lexington, wo er als Anwalt und Juradozent an der Transylvania University tätig war. Im Dezember 1843 heiratete er Mary Cyrene Burch.
Das Parlament von Kentucky hatte ihn währenddessen in den US-Senat gewählt. Das Mandat übte er von März bis September 1861 aus. Er unterstützte den Crittenden-Kompromiss in der Hoffnung, einen Krieg vermeiden zu können. Breckinridge verteidigte die Sklaverei nicht, wechselte aber wegen der Behinderung der Operationen seines Staates durch die Bundesregierung die Seiten. Er kehrte im September 1861 nach Kentucky zurück, um dort die provisorische konföderierte Regierung für diesen Staat zu organisieren. Am 4. Dezember 1861 wurde er aus dem US-Senat ausgeschlossen, weil er Washington, D.C. verlassen hatte, um sich den Konföderierten anzuschließen.
Sezessionszeit
Im November 1861 wurde Breckinridge zum General im konföderierten Heer ernannt und diente im Sezessionskrieg unter General Albert S. Johnston. Er zeichnete sich in den Schlachten von Bowling Green und Shiloh aus. Im Juni 1862 wurde er während der Schlacht um Vicksburg zum Divisionskommandeur ernannt und nahm am gescheiterten Sturmangriff auf Baton Rouge, Louisiana teil. Unter General Joseph E. Johnston kämpfte er in der Schlacht bei Jackson und nahm unter General Braxton Bragg Ende 1862 an der Schlacht am Stones River (mit hohen Verlusten seiner so genannten Orphan Brigade) und im September 1863 an der Schlacht am Chickamauga teil. Im Mai 1864 schlug er Generalmajor Sigel bei New Market und rückte mit Generalleutnant Early im Juli auf Washington, D.C. vor, wobei er im September dessen Niederlage bei Winchester, Virginia teilte. 1864 wurde er zum Befehlshaber des Wehrbezirks westliches Virginia ernannt. Präsident Jefferson Davis ernannte ihn am 6. Februar 1865 zum Kriegsminister. Es war zu diesem Zeitpunkt allerdings zu spät, größere Veränderungen zu bewirken. Im April verließ er mit dem Kabinett Richmond, Virginia und entkam nach Kuba.
Nachkriegszeit
Breckinridges Grab in Lexington
Nach dem Krieg reiste Breckinridge kreuz und quer durch Europa. 1869 kehrte er nach Lexington zurück, nachdem ihm die US-Regierung die Erlaubnis zur Rückkehr erteilt hatte, und wurde dort wieder Anwalt. Durch das wegen seiner Teilnahme an der Sezession ausgesprochene Verbot, ein öffentliches Amt zu bekleiden, war er nicht mehr in der Lage, am öffentlichen Leben der Nachkriegszeit seines Staates teilzunehmen. Er wurde 1869 Vizepräsident der Elizabethtown, Lexington and Big Sandy Railroad Company. Seine Familie war wie viele andere in diesem Konflikt gespalten. Enge Verwandte kämpften auf beiden Seiten des Krieges. Er war eine der vielen Personen, deren Leben und Loyalität durch diesen Bürgerkrieg gespalten wurden. Am 17. Mai 1875 verstarb er in Lexington an den Folgen einer Operation und wurde auf dem dortigen Friedhof begraben.
Jules Witcover: The American Vice Presidency: From Irrelevance to Power. Smithsonian Books, Washington, D. C. 2014, ISBN 978-1-5883-4471-7, S. 129–136 (= 14. John C. Breckinridge of Kentucky).
William C. Davis: Breckinridge: Statesman, Soldier, Symbol. Baton Rouge, LA 1974.
Jon L. Wakelyn: Biographical Dictionary of the Confederacy Louisiana State University Press, Baton Rouge ISBN 0-8071-0092-7
The Civil War Almanac World Almanac Publications, New York, NY ISBN 0-911818-36-7